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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

夏の風物詩

先週開催されたNGSハンズオンの第2部が無事?終わり、社内の関係者一同、ほっと一息ついています。
そろそろ、アメリエフの夏の風物詩となりつつあります。

昨年から、科目も内容も増やしたこともあり、準備に大わらわでしたが、講習後に、わかりやすいと多くの方に声をかけていただきました。
講習会の準備中は、データ解析やコマンドラインになじみがない方にもわかりやすく、取り組みやすいように、と心がけましたが、その甲斐があったなあと嬉しくなりました。
一方で、様々な方からご質問やご指摘をいただき、講師陣としましても大変勉強させていただきました。こうして多くの方とお会いして、情報交換すると得るものが大きいと再実感いたしました。

今年のアメリエフのハンズオン資料はGitHubにて公開中です。
また、講義中の様子の一部はTwitterの#AJACSハッシュタグで実況・共有しました。そちらもご覧いただけると、講習会中の様子が垣間見えると思います。

でも、風物詩ならアイスなどの涼し気なもののほうが嬉しいですね。
あんみつ

今年もNGSハンズオン講習会

去年、講師・TAを担当させていただいたNGSハンズオン講習会で、今年もNGS解析を担当させていただきます!
平成28年度NGSハンズオン講習会

去年担当させていただいた科目は、PythonPerlなどのプログラミングとNGS解析の一部(NGS基礎・Reseq解析)でしたが、今年はプログラミング講座のかわりにRNA-seqとChIP-seqをさせていただくことになりました。
去年から引き続き担当させていただいている科目につきましては、内容のブラッシュアップや増量にも取り組みました。

アメリエフ担当科目は来週からの開催です。今年はなんと、講師とTAを社員が日替わりで務めます。
はじめての試みですので不慣れな点も多いかと思いますが、気を引き締めて精一杯務めさせていただきます。
会場で、受講される方とお会いするのを楽しみにしています!

7周年記念

みなさまのご支援を賜りまして、今年の7月1日でアメリエフは設立7周年を迎えました。
今後とも、アメリエフをどうぞよろしくお願いいたします。


アメリエフ社員にとっては、7月1日はおいしいものを食べられる日ということになっています。
今年はウナギを食べました。ウナギがおいしすぎて、食べることに熱中するあまり全員無言で食事をする静かな時間でした。
7周年目うなぎ

7月に入り暑さが加速するような日々ですが、みなさまも熱中症などにはお気を付けてください。

はじめまして

5月からアメリエフに入社しましたhachikuboです。
アメリエフでは、総務、経理、人事などのバックオフィス全般を担当します。

10年以上前に大学の生物学科を卒業しましたワーキングマザーです。
大学卒業後、営業、研究補助、経理、労務など様々な仕事に携わってきました。
アメリエフでは、いままでの経験を活かして、社員の皆さんが少しでも働きやすい環境を作っていけたらと思います。

よろしくお願い致します。

HISAT2

RNA-seqのアライメントツールHISAT2についてご紹介します。

HISAT2は、当ブログ内でもたびたびご紹介してるTopHat2開発グループが作った、TopHat2の後継ソフトです。
TopHat2より速いしメモリもそんなに使わないとアピールしています。

ゲノムに対して小さなインデックスを細かく、たくさん作成することで効率的なマッピングをするということだそうです。

私はLinux環境で使うので、Linux用バイナリをダウンロードしてきて使ってみました。バージョンは2.0.4でした。
zipファイルを解凍したら、新しく作成されたディレクトリ内の"hisat2"、"hisat2-build"、"hisat2-inspect"をパスの通ったところに追加します。Bowtie2と同じ手順です。私の場合は/usr/local/binです。

$ cd hisat2-2.0.4
$ sudo ln -s /path/to/hisat2 /usr/local/bin/
(以下同)


本体の次はゲノムとインデックスを準備します。
手元のリファレンスゲノムからhisat2-buildで自分でビルドすることもできるようですが、GRCh38やhg19、その他メジャーなゲノムについては、インデックスを一緒に配布してくれているので、そこからダウンロードすればいいですね。既知のtranscriptやSNPを使用してビルドしたインデックスもあり、そちらを使用したほうがうまくマッピングできるようです。

あとはマッピングするだけです。

ところで、名前が紳士服と関係なくなってしまったのが少し残念ですね。
最初のころ、RNA-seq関連のソフトウェアが紳士服と関係あることにしばらく気づいていなかった社員のつぶやきでした。

◆データサイエンティストを目指す学生必見! インターン Meetup 2016年夏◆

アメリエフでは、7月8日(金)に「データサイエンティストを目指す学生必見! インターン Meetup 2016年夏」を開催いたします。

夏休みにインターンに参加したい学生さんをはじめ、バイオ業界、
バイベンチャーに興味がある方を対象に、バイオ業界についてや
実際の解析や開発の仕事について紹介します。
イベント後の懇親会では、実際の解析や開発を担当しているメンバーが参加しますので、気になることをお気軽にご質問いただけます。

バイオ業界やベンチャー企業での働き方について興味がある方、
インターンを検討されている方はぜひご参加ください。

日程:2016年7月8日(金)17:00〜18:00(受付開始16:45〜)
場所:アメリエフ株式会社 本社
内容:
バイオ業界の動きとアメリエフの目指す未来
代表取締役 山口昌雄による起業ヒストリー
バイオ研究を支える解析技術 解析・開発エンジニアの実務とキャリアのご紹介
●解析・開発エンジニアによるLightning Talks

お申し込み方法:
アンケートフォームより、7/6(水)正午までにお申込みください。

また、18:30〜19:30に軽食をご用意しての懇親会を行いますので、
併せてご参加いただけますと幸いです。懇親会からのご参加も可能です。

皆様のご参加をお待ちしております。

Copy as MarkdownでMarkdown形式のリンクURLを取得する

こんにちは、先日、桔梗屋信玄餅を買いに初めて三越に行きました、@kuborです。

WEBサイトを見ている時にリンクを右クリックしてURLをコピーし、Slack、esa.io、もしくはGitHubなどで共有することが多いのですが、プレーンなURLを貼るだけではなんのURLかわかりにくかったりします。


markdownで書けば、タイトルも入れられて便利なのですが入力項目が増えてしまい、少し面倒です。
そんな時、Chrome拡張機能の「Copy as Markdown」を使えば簡単にページタイトルとセットで取得可能です。
スクリーンショット 2016-06-24 9.23.30.png (142.2 kB)

インストール後、リンクの上で右クリックすると、markdown形式でクリップボードにURLがコピーされます。

貼り付けるとこんな感じです。
[GitHub - bioinform/varsim: VarSim: A high-fidelity simulation validation ...](https://www.google.co.jp/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwjYmpPDsr_NAhUDHJQKHSw_AEEQFggeMAA&url=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fbioinform%2Fvarsim&usg=AFQjCNG3pSuHA_Jo3KYq05EJNAM17_KUYg&sig2=fshVN5muBaKs2-1iBhqZCQ&bvm=bv.125221236,d.dGo)

HTMLに変換するとこうなります。

GitHub - bioinform/varsim: VarSim: A high-fidelity simulation validation ...

タイトルの自動取得がいい感じですね。

Chromeへの導入はこちらからお試しください。

Copy as Markdown - Chrome ウェブストア - Google