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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

第46回バイオインフォマティクス勉強会「10x Genomicsによるロングリード解析@東京」開催のお知らせ

9月9日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。

《内容》

10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。
本勉強会では、日本で10x Genomicsのサービスを提供する3社をお招きし、実験から解析までトータルにご紹介いたします。

  • 10x Genomics社のChromiumシステムのご紹介 株式会社スクラム社 掛谷 知志 様
  • Chromium向けターゲットエンリッチメント試薬のご紹介 アジレント社 吉崎 史子 様
  • 受託解析サービスのご紹介 受託解析会社 ご担当者 様
  • データ解析のご紹介 アメリエフ 山口 昌雄

10x Genomicsの技術にご興味のある方、お試しされたい方、導入をご検討されている方などご参加をお待ちしております。

             記

【日時】2016年9月9日(金) 15:30-16:45 (受付開始 15:00〜)
【場所】東京都港区芝四丁目1-17 三田いきいきプラザ 集会室A(洋室)
【アクセス】
・地下鉄三田線・浅草線 三田駅 A9番出口 徒歩1分
・JR山手線・京浜東北線 田町駅 西口 徒歩8分
【定員】 30名
【対象】
・これからNGSを用いたロングリード解析をラボまたは委託で始めたい方
・10x Genomics社製品に興味がある方
・NGSを使ったロングリード解析に興味がある方
【お申込みフォーム】こちら
【お申込み締切】 9月8日(木)正午まで

プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、上記URLからお早めにお申し込みください。

勉強会の後には、近くの飲食店にて情報交換会(実費 3,000〜4,000円)を
企画しております。講師も参加いたしますので、情報交換や横のつながりを
作る機会として、お楽しみいただければと思います。

ヒトデータのセキュリティ

今夏は慎重に行動していたおかげでほとんど蚊に刺されていなかったのですが、お盆休みで実家に帰ったところ、寝ている間に10箇所も刺されてしまいました。
せっかく気を付けていたのに、台無しです。

無理やりこじつけますが、気を付けるといえば、ヒトのシーケンスデータを扱うときに、セキュリティはどれくらい気にするものなのか、ご質問をたびたびいただきます。
弊社がヒトシーケンスデータを扱う際のセキュリティルールは、NBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドラインを参考にしています。

NBDCヒトデータ取扱いセキュリティガイドライン
こちらは、NBDCで提供しているNBDCヒトデータベースの共有データを利用する際のセキュリティルールです。
セキュリティレベルには標準レベル(Type-I)とハイレベル(Type-II)があり、弊社では標準レベルの基準と同等のセキュリティを適用したサーバでヒトデータの解析を行っています。

ひとつの指針として、ご参考になりましたら幸いです。

夏の風物詩

先週開催されたNGSハンズオンの第2部が無事?終わり、社内の関係者一同、ほっと一息ついています。
そろそろ、アメリエフの夏の風物詩となりつつあります。

昨年から、科目も内容も増やしたこともあり、準備に大わらわでしたが、講習後に、わかりやすいと多くの方に声をかけていただきました。
講習会の準備中は、データ解析やコマンドラインになじみがない方にもわかりやすく、取り組みやすいように、と心がけましたが、その甲斐があったなあと嬉しくなりました。
一方で、様々な方からご質問やご指摘をいただき、講師陣としましても大変勉強させていただきました。こうして多くの方とお会いして、情報交換すると得るものが大きいと再実感いたしました。

今年のアメリエフのハンズオン資料はGitHubにて公開中です。
また、講義中の様子の一部はTwitterの#AJACSハッシュタグで実況・共有しました。そちらもご覧いただけると、講習会中の様子が垣間見えると思います。

でも、風物詩ならアイスなどの涼し気なもののほうが嬉しいですね。
あんみつ

今年もNGSハンズオン講習会

去年、講師・TAを担当させていただいたNGSハンズオン講習会で、今年もNGS解析を担当させていただきます!
平成28年度NGSハンズオン講習会

去年担当させていただいた科目は、PythonPerlなどのプログラミングとNGS解析の一部(NGS基礎・Reseq解析)でしたが、今年はプログラミング講座のかわりにRNA-seqとChIP-seqをさせていただくことになりました。
去年から引き続き担当させていただいている科目につきましては、内容のブラッシュアップや増量にも取り組みました。

アメリエフ担当科目は来週からの開催です。今年はなんと、講師とTAを社員が日替わりで務めます。
はじめての試みですので不慣れな点も多いかと思いますが、気を引き締めて精一杯務めさせていただきます。
会場で、受講される方とお会いするのを楽しみにしています!

7周年記念

みなさまのご支援を賜りまして、今年の7月1日でアメリエフは設立7周年を迎えました。
今後とも、アメリエフをどうぞよろしくお願いいたします。


アメリエフ社員にとっては、7月1日はおいしいものを食べられる日ということになっています。
今年はウナギを食べました。ウナギがおいしすぎて、食べることに熱中するあまり全員無言で食事をする静かな時間でした。
7周年目うなぎ

7月に入り暑さが加速するような日々ですが、みなさまも熱中症などにはお気を付けてください。

はじめまして

5月からアメリエフに入社しましたhachikuboです。
アメリエフでは、総務、経理、人事などのバックオフィス全般を担当します。

10年以上前に大学の生物学科を卒業しましたワーキングマザーです。
大学卒業後、営業、研究補助、経理、労務など様々な仕事に携わってきました。
アメリエフでは、いままでの経験を活かして、社員の皆さんが少しでも働きやすい環境を作っていけたらと思います。

よろしくお願い致します。

HISAT2

RNA-seqのアライメントツールHISAT2についてご紹介します。

HISAT2は、当ブログ内でもたびたびご紹介してるTopHat2開発グループが作った、TopHat2の後継ソフトです。
TopHat2より速いしメモリもそんなに使わないとアピールしています。

ゲノムに対して小さなインデックスを細かく、たくさん作成することで効率的なマッピングをするということだそうです。

私はLinux環境で使うので、Linux用バイナリをダウンロードしてきて使ってみました。バージョンは2.0.4でした。
zipファイルを解凍したら、新しく作成されたディレクトリ内の"hisat2"、"hisat2-build"、"hisat2-inspect"をパスの通ったところに追加します。Bowtie2と同じ手順です。私の場合は/usr/local/binです。

$ cd hisat2-2.0.4
$ sudo ln -s /path/to/hisat2 /usr/local/bin/
(以下同)


本体の次はゲノムとインデックスを準備します。
手元のリファレンスゲノムからhisat2-buildで自分でビルドすることもできるようですが、GRCh38やhg19、その他メジャーなゲノムについては、インデックスを一緒に配布してくれているので、そこからダウンロードすればいいですね。既知のtranscriptやSNPを使用してビルドしたインデックスもあり、そちらを使用したほうがうまくマッピングできるようです。

あとはマッピングするだけです。

ところで、名前が紳士服と関係なくなってしまったのが少し残念ですね。
最初のころ、RNA-seq関連のソフトウェアが紳士服と関係あることにしばらく気づいていなかった社員のつぶやきでした。