アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

宇宙物理からバイオインフォマティクスへ

こんにちは。hr-kです。今回は私の博士課程時代の専門である宇宙物理とアメリエフで取り扱っているバイオインフォマティクスの分野についてプログラミングの観点から少しお話ししたいと思います。 「宇宙物理とバイオインフォマティクスだと全く違いそう」と…

色々なプログラミング言語

こんにちは。hr-kです。今回の記事ではプログラミング言語の向き不向きの話をしたいと思います。 私はこれまでに学生時代を含めるとC言語, Fortran, Python, Rなど、複数の言語を用いてソースを書いてきました。 私の主観ではありますが、初学者向けにC言語,…

globでパスのリストを取得

kimotonです。 RのカテゴリーはあるのにPythonのカテゴリーないのですね、、勝手に作りました。 パスの取得は、パイプライン開発なんかの際によく必要になります。 Pythonの標準ライブラリglob を使えば、正規表現を使ってパスのリストが取得できちゃいます…

vcfファイルの読み出し(python)

こんにちは。hr-kです。今回は、前回の記事で書いたRでの方法に続いてpythonでvcfファイルを扱う方法を書きたいと思います。 pythonでvcfを開くときには、pyvcfが非常に便利です。 コマンドライン上でpipを通してインストールできますpip install pyvcf。 イ…

お手軽!「上手い文章」お役立ち本

こんにちは。「自分の知識や主張を、知らない人に説明する」ということに学生時代から四苦八苦しているmiyatakeyです。 極めようとすれば一生モノのこのテーマ、お悩みの方は多いのではないでしょうか。 今回はそんな人々で上達法を共有すべく、私の思うお役…

CRANって。。

kimoton です。 皆様休日は何をされてますかね。 わたくしkimoton、最近料理をしているのですが、書店でこのようなものを見つけてしまいました。 週末2時間で作れる! 1週間分のおかず (ei cooking)作者: 結城寿美江,ei cooking編集部出版社/メーカー: エイ出…

vcfファイルの読み出し

hr-kです。今回はRでvcfファイルを扱う時の話題で書きたいと思います。 Rでvcfファイルを扱うソースを書いており、気付いたことが一点。 Rでvcfを開くとき、vcfR(説明書のリンク)というライブラリにあるread.vcfRを使うのがすごく便利です。 具体的な使用方…