アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

cronを用いたコマンドの定期実行

こんにちは、hr-kです。今回はcronを用いたコマンドの定期実行について書いていきます。 「毎週このサーバの容量のログをとりたい」、「10分置きにこのコマンドを実行したい」ということがよくあります。 こんなとき、よく使われるのがcronと言うシステムで…

性染色体のgenotype

こんにちは。 VCF(variant call format)ファイルにおける、性染色体のgenotype表記についてご紹介します。 下に、VCFの例を示します。father、つまり男性の情報を見てみます。 fatherの列の左端に、それぞれの変異のGT(genotype、遺伝型)が載っています…

less画面上での文字列検索を楽に ~大文字小文字を区別させない~

lessで開いたファイル内での特定文字列(ex. hoge)の検索は、' /hoge 'と打てば可能です。 便利なのですが、queryの大文字小文字がきっちり区別されてしまうことには少々不便さを感じていました。 例えば、アノテーション情報付きVCFから特定データベース由…

vimを使いながらlsする。vimtutor先生より

コマンドラインで使えるテキストエディタ、 vim 。 使い方は色々なWebサイトや本でも学ぶことができますが、お手軽なチュートリアルが、コマンドライン上にも存在します。 それが vimtutor 。 コマンドライン上に、vimの使い方が表示され、 実際に表示された…

pythonでキャッシュをとる

こんにちは、hr-kです。今回はpythonで、同じ関数を使い倒す時に、より早く計算する手法をご紹介します。 pythonで以下のようなコード(test.py)を書くとします。 import time def test(text): # なんか重たい処理 texts = '' for i in range(1000): texts = …

「QMerge」 VCF統合、アノテーション、テキスト出力ソフトウェア

弊社が販売しておりますソフトウェア「QMergepy」のご紹介です。 「QMergepy」は、以下の機能を備えたソフトウェアです。 VCFファイルの統合 データベースのアノテーション タブ区切りテキストファイルに出力 これが こうなる → QMergepy → タブ区切りテキス…

ツールの出力をまとめてレポートに! MultiQC ②

前回に引き続きMultiQCの実装を行います。 必要環境 適当なブラウザ (Chrome, Firefox, Safari) 今回は仮想環境を入れて実装するのでOSは何でもよいです。 事前準備 minicondaを入れましょう。 詳しくはググりましょう。親切な方が紹介しています。 インスト…