アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

ファイル内容の一字一句完全一致を一瞬でチェック

ネットから変異データベースなどの大容量ファイルをダウンロードした時、データ破損なくダウンロードできているか不安になりませんか? あるいは、書き換えがあっては困るデータに対して、経時的に何回も改変有無をチェックしたいことはありませんか? オリ…

受託解析サービスに新ラインナップ 「シングルセルRNA-seq解析」を追加しました!

シングルセルRNA-seq解析サービスを開始いたしました! 詳しくはこちらをご覧ください amelieff.jp

新製品「Oxford Nanopore MinIONデータ解析PC」リリースしました!

新製品「Oxford Nanopore MinIONデータ解析PC」リリースしました! 詳細は下記の記事をご覧ください。 amelieff.jp

第68回米国人類遺伝学会に参加します!

第68回米国人類遺伝学会(ASHG)年次学術集会に、代表取締役 山口が参加いたします。 詳しくはこちらをご覧ください amelieff.jp

第47回バイオインフォマティクス勉強会「データベース使用法&データ解析自動化 事始め@東京」開催のお知らせ!

第47回バイオインフォマティクス勉強会「データベース使用法&データ解析自動化 事始め@東京」を開催いたします。 皆様のご参加をお待ちしております! 詳細とお申し込みはこちらをご覧ください amelieff.jp

【体験談】インターンしたら会社のリアルと好きなことが見えてきた!

アメリエフのインターン体験談第2弾をお届けします! 詳細は下記の記事をご覧ください。 www.wantedly.com

日本マイクロソフトのヘルスケアクラウド 賛同パートナーとして発表されました!

日本マイクロソフトのヘルスケアクラウド賛同パートナーとして発表されました! 詳細は下記の記事をご覧ください。 amelieff.jp

【体験談】夏休みインターンで遺伝子情報をゴリゴリプログラミングするぞ!

アメリエフではインターン生を募集しています! お蔭様でこれまで、たくさんの学生さんがインターンに参加してくださっています。そこで今回は、アメリエフでのインターン体験談をお届けします! 詳細は下記の記事をご覧ください。 www.wantedly.com

timeコマンドで計算時間とメモリを調査

東京都港区、新人OLさんからのお便りです。 こんにちは。いつも楽しくブログよんでいます。 Cufflinksというソフトウェアの、解析にかかる時間と最大メモリを調べたいのですが、簡単なコマンドはありませんか? これからもがんばってください。 こんにちは。…

(Rで)VCFにアノテーション "VariantAnnotation" ②

Rに読み込んだVCFに、アノテーションを付加しましょう。 staffblog.amelieff.jp VariantAnnotationの公式説明書はこちらです。 アノテーションの付加には、Bioconducterのアノテーションデータパッケージを利用します。 パッケージ一覧はこちらから見られま…

「AmeliCure」商標登録完了のお知らせ

自社開発製品の遺伝子検査支援システム「AmeliCure(アメリキュア)」について、商標登録が完了しましたのでお知らせいたします。 詳細は下記の記事をご覧ください。 amelieff.jp

9月5日、ICCサミットKYOTOにて、代表の山口が登壇します!

2018年9月3日から4日間開催されるICCサミットKYOTOにて、3日目の9月5日にアメリエフ株式会社代表取締役社長の山口が登壇します。 詳細は下記の記事をご覧ください。 http://amelieff.jp/180831/ amelieff.jp

「博士号取得支援」制度開始で、社員のスキルアップを後押し!

アメリエフでは今年6月より「博士号取得支援」制度を開始いたしました! 詳細は下記の記事をご覧ください。 www.wantedly.com

第三回アメリエフオープンセミナー開催!!

はじめに どうもおひさしぶりです。misawatです。 いつの間にか「取締役 CTO」になってました。 僕のCTOとしての初業務は・・・、 CTOってなに?ってのをググることでした! そんなこんなで、ガラリと仕事内容も変わっ・・・てない。 解析はやってるけど、仕…

less一回で複数のファイルを開く

こんにちは。lessのオプションの連載をしている人、miyatakeyです。 いやあ、便利ですから。どんどん活用していきましょう。 とはいえ今回ご紹介するのは、これまでのようなコマンドラインオプションとは異なります。 less自体の便利機能のご紹介です。 皆さ…

pythonの辞書型の使い方

こんにちは、hr-kです。今回はpythonで多用する「辞書(dict)型」の使い方を簡単にご紹介します。 pythonで辞書は以下の形で定義できます。 # {key1:value1, key2:value2, ...} >>> test = {'A': 'Archaeology', 'C': 'Cosmology', 'G': 'Geology', 'T': 'Top…

実はアウトローだった!経歴よりポテンシャル重視の採用

「就活アウトロー採用2018」という面白い採用イベントに、弊社の代表山口とCTO三澤が参加しました! 詳細は下記の記事をご覧ください。 www.wantedly.com

(Rで)VCFの読み込み "VariantAnnotation" ①

VCF(Variant Call Format)をRで読みましょう! Rパッケージ "VariantAnnotation" をご紹介します。 VariantAnnotationはVCFを読み込み、更にアノテーションパッケージを利用してアノテーションを付与することが可能です。 列の分類やPOS表記に少しクセがあり…

第3回アメリエフオープンセミナー開催!!

2012年に東北メディカル・メガバンク計画が開始され、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構(IMM)および東北大学東北メディカル・メガバンク機構の連携により、2017年3月に宮城県、岩手県の15万人を対象とした国内最大のゲノムコホートが構築…

創立記念ランチ会を開きました!

創立記念ランチ会 おかげ様で、7月1日でアメリエフは創立9周年を迎えることができました。 毎年、普段はなかなか食べられない「うな重」を社員で囲み、英気を養っています。 今年は暑さが続いているので、アイスクリームも出ました!写真は9周年の「9」を手…

cronを用いたコマンドの定期実行

こんにちは、hr-kです。今回はcronを用いたコマンドの定期実行について書いていきます。 「毎週このサーバの容量のログをとりたい」、「10分置きにこのコマンドを実行したい」ということがよくあります。 こんなとき、よく使われるのがcronと言うシステムで…

性染色体のgenotype

こんにちは。 VCF(variant call format)ファイルにおける、性染色体のgenotype表記についてご紹介します。 下に、VCFの例を示します。father、つまり男性の情報を見てみます。 fatherの列の左端に、それぞれの変異のGT(genotype、遺伝型)が載っています…

less画面上での文字列検索を楽に ~大文字小文字を区別させない~

lessで開いたファイル内での特定文字列(ex. hoge)の検索は、' /hoge 'と打てば可能です。 便利なのですが、queryの大文字小文字がきっちり区別されてしまうことには少々不便さを感じていました。 例えば、アノテーション情報付きVCFから特定データベース由…

vimを使いながらlsする。vimtutor先生より

コマンドラインで使えるテキストエディタ、 vim 。 使い方は色々なWebサイトや本でも学ぶことができますが、お手軽なチュートリアルが、コマンドライン上にも存在します。 それが vimtutor 。 コマンドライン上に、vimの使い方が表示され、 実際に表示された…

pythonでキャッシュをとる

こんにちは、hr-kです。今回はpythonで、同じ関数を使い倒す時に、より早く計算する手法をご紹介します。 pythonで以下のようなコード(test.py)を書くとします。 import time def test(text): # なんか重たい処理 texts = '' for i in range(1000): texts = …

「QMerge」 VCF統合、アノテーション、テキスト出力ソフトウェア

弊社が販売しておりますソフトウェア「QMergepy」のご紹介です。 「QMergepy」は、以下の機能を備えたソフトウェアです。 VCFファイルの統合 データベースのアノテーション タブ区切りテキストファイルに出力 これが こうなる → QMergepy → タブ区切りテキス…

ツールの出力をまとめてレポートに! MultiQC ②

前回に引き続きMultiQCの実装を行います。 必要環境 適当なブラウザ (Chrome, Firefox, Safari) 今回は仮想環境を入れて実装するのでOSは何でもよいです。 事前準備 minicondaを入れましょう。 詳しくはググりましょう。親切な方が紹介しています。 インスト…

ベンチャーピッチイベント

こんにちは、hr-kです。今回は先日参加させてもらったベンチャーピッチイベントについて書きたいと思います。 ベンチャーピッチイベントは株式会社リバネスさんの16周年記念と同時に行われたイベントです。 リバネスさんが支援する様々なベンチャー企業が…

昨日できた計算が今日できない

パソコン苦手な人の「何もしてないんですけどぉ」は、絶対何かしてる ーーコンピューターの不具合あるある よく聞きますね。 ついに自分でもやってしまった新入社員です。 エラー対処の試行錯誤を少しでも減らせればと思い、対策をブログに書いておきます。 …

less画面をすっきり見やすく

バイオインフォマティクス業界に飛び込んでもうすぐ3カ月のmiyatakeyです。最近大いに思うことがあります。 VCF等をlessで見る時、画面端で行が折り返されて見にくい。INFO列は親の仇。 見やすくできないかと思い調べてみました。lessのオプションで解決です…