アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

IgBLASTのラッパーMiGMAP

抗体のV(D)J配列のマッピングする場合には、BLASTのアルゴリズムを利用したIgBLASTはとても便利です。 しかし、FASTQファイルが使えないことや、出力結果が独自フォーマットであることなどから、扱いづらいと感じることもあります。 また、ローカルで実行す…

QIIME2のはなし。

Hatena Blogに移行してから初投稿になります。 どうもmisawatです。 お客さん向けのBlogチックなテキストは毎回書いてるんですけどねぇ・・・。(← 言い訳です。はいスイマセン。) さて、かの有名なメタゲノム解析プログラムQIIMEがメジャーバージョンアッ…

2017年10月度 2019新卒&インターン採用説明会を行いました!

ご無沙汰してます、アメリエフでインターンをさせて頂いているkimotonです。 10月26日、2019新卒&インターン採用説明会を行いました! またまた記事を書かせていただけるということで、嬉しい限りです。 私が同様のイベントに参加して、インターンとして働…

2018年度新卒内定式を行いました!

こんにちは、人事担当のhachi-aです。 10月2日に内定式を開催しました! 3名の内定者のみなさんにご参加いただきました。 採用結果通達後、内定者全員が顔を合わせるのはこの日が初めてです。 まずは、現場担当社員から、入社までの事前課題の説明を行いまし…

BioJapan 2017に出展いたします。

アメリエフ株式会社は、アジア最大級のバイオパートナリングイベントBioJapanに参加いたします。 厚生労働省が主催する 「ジャパン・ ヘルスケアベンチャー・サミット」に採択され、ブース展示をいたします。 また、一般財団法人バイオインダストリー協会が…

アメリエフがTokyo MXの「ELIZA スペシャル」にて取り上げられました!

9月24日(日)深夜26時35分からTokyo MXにて放送された「ELIZAスペシャル」でアメリエフが取り上げられました! 「ELIZAスペシャル」は最新テクノロジーを駆使して社会課題に取り組む企業や経営者を密着取材したドキュメンタリー番組です。 番組内では仕事に…

GWAS結果を可視化する方法

kubokawamです。 可視化といっても、マンハッタンプロットを作図してからの話です。 GWAS解析を行って(あるいは共同研究先や外注先に行ってもらって)マンハッタンプロットを眺めていると、このSNPをもう少し詳しく見てみたいなあ、近くにある遺伝子とかLD…

アメリエフ株式会社がTokyo MX「ELIZAスペシャル」で取り上げられます!

9月24日(日)深夜26時35分からTokyo MXにて放送される「ELIZAスペシャル」でアメリエフが取り上げられます。「ELIZAスペシャル」は最新テクノロジーを駆使して社会課題に取り組む企業や経営者を密着取材したドキュメンタリー番組です。番組内では仕事に臨む…

第2回アメリエフオープンセミナー開催!!

2012年より、日本の3大バイオバンクの1つである東北メディカル・メガバンク、および、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構は、宮城県、岩手県の15万人を対象とした国内最大のゲノムコホートを目指しています。 今年1月に、岩手医科大学いわ…

第1回アメリエフオープンセミナー開催!

近年、これまで保険収載された遺伝学的検査を補完し、個々人の特性に合った治療法の選択や診断率の向上を目指して、次世代シーケンサを用いた網羅的検査の開発が広く行われています。 熊本大学は、2017年3月より遺伝性脳血管疾患関連遺伝子検査の検査体…

常在細菌叢のメタゲノム解析

皆さんこんにちは。今回はAmeliPress 7月号の内容といたしまして、近年健康との関係が注目されている常在細菌叢の解析関連の話題を取り上げます。 知っていて損はない内容となっておりますので、ぜひ一読してみてください。 常在細菌叢のメタゲノム解析 私た…

網羅的遺伝子検査支援システムAmeliCureが 三重大学病院に採用されました

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)が提供するAmeliCure(アメリキュア)は、三重大学医学部附属病院(以下 三重大学病院)が2017年8月より開始する網羅的がん遺伝子検査「ミライ」の遺伝子検査支援システムと…

独立行政法人国立病院機構 東京医療センターと遺伝性疾患における遺伝子変異解析手法の開発に関する共同研究を開始!

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、独立行政法人国立病院機構 東京医療センター(以下 東京医療センター)と「遺伝性疾患における遺伝子変異解析手法の開発」に関する共同研究を開始します。 遺伝性疾患は…

1ファイル1行ずつ表示する

kubokawamです。 久しぶりにlinuxコマンドのオプションネタを書きます。 コマンドは、これがなくては何もできない、lsです。実行するとファイルやディレクトリなどの一覧を表示してくれます。初心者の方には真っ先に覚えていただきますし、弊社のインフォマ…

アメリエフに興味ある学生向け交流会を開催いたしました!!

「アメリエフに興味ある学生向け交流会」というと、お堅い印象になってしまいますが、今回の会はおそらく名前がなかったので、こんなタイトルにしてみました。 初めまして。去年の9月からインターン生として、お世話になっておりますkimoton と申します。ア…

ナノポア技術で塩基配列を素早く読み取る

皆さん、こんにちは!前回のAmeliPress2月号の記事はお読みいただけたでしょうか? 今回はAmeliPress3月号のナノポア技術について触れたいと思います。 近年注目されている夢の技術ですので、どうぞお楽しみください。 ナノポア技術で塩基配列を素早く読み取…

公益財団法人東京都医学総合研究所とウイルス発がん機構について共同研究を開始

公益財団法人東京都医学総合研究所(以下、東京都医学総合研究所)とアメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、「がんの診断、治療、予防を目的としたウイルス発がん機構の研究」について共同研究を開始します。一…

「医療ビッグデータを活用して世界を変える! 学生インターンMeetup 2017春」を開催いたしました。

先日4月21日(金)、アメリエフ株式会社にて学生インターンMeetupを開催いたしました。このイベントは長期実践型インターンに興味のある学生を対象としたもので、現在インターンシップを経験している学生が企画したイベントです。イベント当日は、代表取締役…

腫瘍と免疫の相互作用

がん免疫治療に関するデータ解析の連載1つ目のトピックです。 ここでは、がん免疫サイクル、がん免疫編集、そしてがん免疫ゲノミクスついて簡単にまとめます。 がん免疫サイクル がん免疫サイクルの最初のステップはネオアンチゲンの生成です。ネオアンチゲ…

がん免疫治療法と国際的がんプロジェクト

アメリエフは月一回の頻度で広報誌「AmeliPress」を発行しております。その内容を今月からブログでも配信することになりました。 今回は2月号の内容になります。 NGS技術と国際的がんプロジェクト NGS 技術は利用の裾野が広がり、多様な遺伝子研究において活…

がん免疫治療に関するデータ解析(序)

ブログを移転いたしました。 新しいブログでも、アメリエフをどうぞよろしくお願いいたします。 さてもう二月になってしまい、時流に遅れている感満載ですが、年末年始は、それまでの一年を振り返り、これからの一年を考える機会ですね。2016年を振り返るとN…

誰でもわかる(と思う!)LTR解析 その2

LTR解析について連載するとか言っておきながら何ヶ月たったことか・・・ どうもmisawatです。大丈夫です。生きてます。 さて、期間が大分空いてしまいましたが、第二回として 「LTRの研究事例」 について紹介していきたいと思います。 やはり「どんなことが…

ASHG2016でgnomADが公開

10/18~22はアメリカ人類遺伝学会(ASHG)2016がバンクーバーで開催されていました。 その中でBroad Institueから発表されたGenome Aggregation Database (gnomAD)について紹介したいと思います。 次世代シーケンサー(NGS)を使っている人にはお馴染みの図です…

データ解析トレンド

現在、アメリエフはNGSデータを中心に解析を行っています。 しかし、もともと起業した社長は遺伝統計学のバックグラウンドがあり、最初はSNPアレイデータ解析の会社でした(そもそも、創業当時はNGSが今ほど普及していませんでした)。 とはいえ、ここ数年ず…

誰でもわかる(と思う!)LTR解析 その1

〜前置き〜 だんまりを決め込んでいました。 どうもmisawatです。 たまにはInputだけではなくOutputせねば!と謎の義務感にかられたので記事を書きにきました。 テーマは「LTR (Long Terminal Repeat)」の解析です。 ・・・。 はい。 「繰り返し〜」とか「リ…

第46回バイオインフォマティクス勉強会「10x Genomicsによるロングリード解析@東京」開催のお知らせ

9月9日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 《内容》10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 本勉強会では、日本で10x Genomicsのサービスを提供する3社を…

ヒトデータのセキュリティ

今夏は慎重に行動していたおかげでほとんど蚊に刺されていなかったのですが、お盆休みで実家に帰ったところ、寝ている間に10箇所も刺されてしまいました。 せっかく気を付けていたのに、台無しです。 無理やりこじつけますが、気を付けるといえば、ヒトのシ…

夏の風物詩

先週開催されたNGSハンズオンの第2部が無事?終わり、社内の関係者一同、ほっと一息ついています。 そろそろ、アメリエフの夏の風物詩となりつつあります。 昨年から、科目も内容も増やしたこともあり、準備に大わらわでしたが、講習後に、わかりやすいと多…

今年もNGSハンズオン講習会

去年、講師・TAを担当させていただいたNGSハンズオン講習会で、今年もNGS解析を担当させていただきます! (平成28年度NGSハンズオン講習会) 去年担当させていただいた科目は、PythonやPerlなどのプログラミングとNGS解析の一部(NGS基礎・Reseq解析)でし…

7周年記念

みなさまのご支援を賜りまして、今年の7月1日でアメリエフは設立7周年を迎えました。 今後とも、アメリエフをどうぞよろしくお願いいたします。 アメリエフ社員にとっては、7月1日はおいしいものを食べられる日ということになっています。 今年はウナギを食…