アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

timeコマンドで計算時間とメモリを調査

東京都港区、新人OLさんからのお便りです。 こんにちは。いつも楽しくブログよんでいます。 Cufflinksというソフトウェアの、解析にかかる時間と最大メモリを調べたいのですが、簡単なコマンドはありませんか? これからもがんばってください。 こんにちは。…

(Rで)VCFにアノテーション "VariantAnnotation" ②

Rに読み込んだVCFに、アノテーションを付加しましょう。 staffblog.amelieff.jp VariantAnnotationの公式説明書はこちらです。 アノテーションの付加には、Bioconducterのアノテーションデータパッケージを利用します。 パッケージ一覧はこちらから見られま…

(Rで)VCFの読み込み "VariantAnnotation" ①

VCF(Variant Call Format)をRで読みましょう! Rパッケージ "VariantAnnotation" をご紹介します。 VariantAnnotationはVCFを読み込み、更にアノテーションパッケージを利用してアノテーションを付与することが可能です。 列の分類やPOS表記に少しクセがあり…

性染色体のgenotype

こんにちは。 VCF(variant call format)ファイルにおける、性染色体のgenotype表記についてご紹介します。 下に、VCFの例を示します。father、つまり男性の情報を見てみます。 fatherの列の左端に、それぞれの変異のGT(genotype、遺伝型)が載っています…

vimを使いながらlsする。vimtutor先生より

コマンドラインで使えるテキストエディタ、 vim 。 使い方は色々なWebサイトや本でも学ぶことができますが、お手軽なチュートリアルが、コマンドライン上にも存在します。 それが vimtutor 。 コマンドライン上に、vimの使い方が表示され、 実際に表示された…

「QMerge」 VCF統合、アノテーション、テキスト出力ソフトウェア

弊社が販売しておりますソフトウェア「QMergepy」のご紹介です。 「QMergepy」は、以下の機能を備えたソフトウェアです。 VCFファイルの統合 データベースのアノテーション タブ区切りテキストファイルに出力 これが こうなる → QMergepy → タブ区切りテキス…

昨日できた計算が今日できない

パソコン苦手な人の「何もしてないんですけどぉ」は、絶対何かしてる ーーコンピューターの不具合あるある よく聞きますね。 ついに自分でもやってしまった新入社員です。 エラー対処の試行錯誤を少しでも減らせればと思い、対策をブログに書いておきます。 …

pythonのゲノム解析で有用物質を発見?

こんにちは。新入社員のFukuです。 アメリエフでPythonを使うんだよ、と情報系でない人に話すと、「水牛?」といわれます。ニシキヘビです。 さて、Python(ニシキヘビ)& インフォマティクス な論文をひとつご紹介します。 Genomewide Analysis of the Anti…

ピカピカの新入社員、会社説明会に参加しました

ピカピカ新入社員のFukuです✨ アメリエフでは、4月以前から少人数向けの会社説明会が開催されています。 私も、昨年就職活動をした者として会社説明会・懇談会に参加いたしまして、学生さんとお話ししております。 学生さん「Fukuさんは、どうしてアメリエフ…

カラフルなマンハッタンプロットを描く

SNP解析、GWASの結果の図示に広く使われるマンハッタンプロット。 これをカラフルにする方法、色の例をご紹介します。 マンハッタンプロットの作図には、統計解析ソフトRの、CRANパッケージ qqmanを利用すると簡便です。 install.packages("qqman") #パッケ…

おまじない #linuxコマンド #初心者

アメリエフブログをご覧の皆さま、こんにちは。 新入社員のFukuです。最近好きなフラグは --help。 毎日、Linuxのコマンドを打っています。 すると、正しいコマンドを打ったつもりなのに、見本をコピー&ペーストしたのに・・・うまく動かない。赤文字のリン…

初めまして。新入社員のFukuです。

平成30年4月にアメリエフに入社しました。Fuku-Iです。 大学院(修士まで)では、動物の生物学を学び、特に卵子に関わる研究をしてきました。 主にネズミを使って実験をする、いわゆるウェットな研究でした。 生体内で起こっている現象を知るためにはこうし…