アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

第2回アメリエフオープンセミナー開催!!

2012年より、日本の3大バイオバンクの1つである東北メディカル・メガバンク、および、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構は、宮城県、岩手県の15万人を対象とした国内最大のゲノムコホートを目指しています。 今年1月に、岩手医科大学いわ…

第1回アメリエフオープンセミナー開催!

近年、これまで保険収載された遺伝学的検査を補完し、個々人の特性に合った治療法の選択や診断率の向上を目指して、次世代シーケンサを用いた網羅的検査の開発が広く行われています。 熊本大学は、2017年3月より遺伝性脳血管疾患関連遺伝子検査の検査体…

常在細菌叢のメタゲノム解析

皆さんこんにちは。今回はAmeliPress 7月号の内容といたしまして、近年健康との関係が注目されている常在細菌叢の解析関連の話題を取り上げます。 知っていて損はない内容となっておりますので、ぜひ一読してみてください。 常在細菌叢のメタゲノム解析 私た…

網羅的遺伝子検査支援システムAmeliCureが 三重大学病院に採用されました

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)が提供するAmeliCure(アメリキュア)は、三重大学医学部附属病院(以下 三重大学病院)が2017年8月より開始する網羅的がん遺伝子検査「ミライ」の遺伝子検査支援システムと…

独立行政法人国立病院機構 東京医療センターと遺伝性疾患における遺伝子変異解析手法の開発に関する共同研究を開始!

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、独立行政法人国立病院機構 東京医療センター(以下 東京医療センター)と「遺伝性疾患における遺伝子変異解析手法の開発」に関する共同研究を開始します。 遺伝性疾患は…

アメリエフに興味ある学生向け交流会を開催いたしました!!

「アメリエフに興味ある学生向け交流会」というと、お堅い印象になってしまいますが、今回の会はおそらく名前がなかったので、こんなタイトルにしてみました。 初めまして。去年の9月からインターン生として、お世話になっておりますkimoton と申します。ア…

ナノポア技術で塩基配列を素早く読み取る

皆さん、こんにちは!前回のAmeliPress2月号の記事はお読みいただけたでしょうか? 今回はAmeliPress3月号のナノポア技術について触れたいと思います。 近年注目されている夢の技術ですので、どうぞお楽しみください。 ナノポア技術で塩基配列を素早く読み取…

公益財団法人東京都医学総合研究所とウイルス発がん機構について共同研究を開始

公益財団法人東京都医学総合研究所(以下、東京都医学総合研究所)とアメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、「がんの診断、治療、予防を目的としたウイルス発がん機構の研究」について共同研究を開始します。一…

「医療ビッグデータを活用して世界を変える! 学生インターンMeetup 2017春」を開催いたしました。

先日4月21日(金)、アメリエフ株式会社にて学生インターンMeetupを開催いたしました。このイベントは長期実践型インターンに興味のある学生を対象としたもので、現在インターンシップを経験している学生が企画したイベントです。イベント当日は、代表取締役…

がん免疫治療法と国際的がんプロジェクト

アメリエフは月一回の頻度で広報誌「AmeliPress」を発行しております。その内容を今月からブログでも配信することになりました。 今回は2月号の内容になります。 NGS技術と国際的がんプロジェクト NGS 技術は利用の裾野が広がり、多様な遺伝子研究において活…

誰でもわかる(と思う!)LTR解析 その2

LTR解析について連載するとか言っておきながら何ヶ月たったことか・・・ どうもmisawatです。大丈夫です。生きてます。 さて、期間が大分空いてしまいましたが、第二回として 「LTRの研究事例」 について紹介していきたいと思います。 やはり「どんなことが…

ASHG2016でgnomADが公開

10/18~22はアメリカ人類遺伝学会(ASHG)2016がバンクーバーで開催されていました。 その中でBroad Institueから発表されたGenome Aggregation Database (gnomAD)について紹介したいと思います。 次世代シーケンサー(NGS)を使っている人にはお馴染みの図です…

データ解析トレンド

現在、アメリエフはNGSデータを中心に解析を行っています。 しかし、もともと起業した社長は遺伝統計学のバックグラウンドがあり、最初はSNPアレイデータ解析の会社でした(そもそも、創業当時はNGSが今ほど普及していませんでした)。 とはいえ、ここ数年ず…

誰でもわかる(と思う!)LTR解析 その1

〜前置き〜 だんまりを決め込んでいました。 どうもmisawatです。 たまにはInputだけではなくOutputせねば!と謎の義務感にかられたので記事を書きにきました。 テーマは「LTR (Long Terminal Repeat)」の解析です。 ・・・。 はい。 「繰り返し〜」とか「リ…

第46回バイオインフォマティクス勉強会「10x Genomicsによるロングリード解析@東京」開催のお知らせ

9月9日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 《内容》10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 本勉強会では、日本で10x Genomicsのサービスを提供する3社を…

ヒトデータのセキュリティ

今夏は慎重に行動していたおかげでほとんど蚊に刺されていなかったのですが、お盆休みで実家に帰ったところ、寝ている間に10箇所も刺されてしまいました。 せっかく気を付けていたのに、台無しです。 無理やりこじつけますが、気を付けるといえば、ヒトのシ…

夏の風物詩

先週開催されたNGSハンズオンの第2部が無事?終わり、社内の関係者一同、ほっと一息ついています。 そろそろ、アメリエフの夏の風物詩となりつつあります。 昨年から、科目も内容も増やしたこともあり、準備に大わらわでしたが、講習後に、わかりやすいと多…

今年もNGSハンズオン講習会

去年、講師・TAを担当させていただいたNGSハンズオン講習会で、今年もNGS解析を担当させていただきます! (平成28年度NGSハンズオン講習会) 去年担当させていただいた科目は、PythonやPerlなどのプログラミングとNGS解析の一部(NGS基礎・Reseq解析)でし…

7周年記念

みなさまのご支援を賜りまして、今年の7月1日でアメリエフは設立7周年を迎えました。 今後とも、アメリエフをどうぞよろしくお願いいたします。 アメリエフ社員にとっては、7月1日はおいしいものを食べられる日ということになっています。 今年はウナギを食…

はじめまして

5月からアメリエフに入社しましたhachikuboです。 アメリエフでは、総務、経理、人事などのバックオフィス全般を担当します。 10年以上前に大学の生物学科を卒業しましたワーキングマザーです。 大学卒業後、営業、研究補助、経理、労務など様々な仕事に携わ…

HISAT2

RNA-seqのアライメントツールHISAT2についてご紹介します。 HISAT2は、当ブログ内でもたびたびご紹介してるTopHat2開発グループが作った、TopHat2の後継ソフトです。 TopHat2より速いしメモリもそんなに使わないとアピールしています。 ゲノムに対して小さな…

◆データサイエンティストを目指す学生必見! インターン Meetup 2016年夏◆

アメリエフでは、7月8日(金)に「データサイエンティストを目指す学生必見! インターン Meetup 2016年夏」を開催いたします。 夏休みにインターンに参加したい学生さんをはじめ、バイオ業界、 バイオベンチャーに興味がある方を対象に、バイオ業界について…

Copy as MarkdownでMarkdown形式のリンクURLを取得する

こんにちは、先日、桔梗屋信玄餅を買いに初めて三越に行きました、@kuborです。 WEBサイトを見ている時にリンクを右クリックしてURLをコピーし、Slack、esa.io、もしくはGitHubなどで共有することが多いのですが、プレーンなURLを貼るだけではなんのURLかわ…

10x genomicsのGemCode技術

去年、The Scientist誌が選んだ革新的技術トップ10(Top 10 Innovations 2015)の1位を飾った技術、それが、スタートアップ企業10x genomicsが開発した、「GemCode」と呼ばれる次世代シーケンサーの新しい前処理技術です。GemCodeの技術を簡単に説明すると、…

Vagrantを用いた仮想環境構築

バイオインフォマティクス初心者が勉強を始める際に、最初に立ちはだかる壁は、Linuxという未知のOSとの相対だと思います。 最近はVirtualBoxなどの仮想化ソフトもネットにたくさんありますので、導入すること自体は皆さんできるかと思います。しかし、もし.…

Cytoscapeによるネットワーク図示

Cytoscapeは、複雑なネットワークおよびその属性の図示、統合、分析に用いられるオープンソースのソフトウェアです。 遺伝子ネットワーク、ソーシャルネットワーク、路線図など、点(node)と線(edge)で構成されるデータセットを可視化することができます。 デ…

10x Genomics Long Rangerのご紹介

前回のブログでも少し触れましたが、10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 今回はそのGemCodeシステムに対応したゲノム解析パイプラインLong Rangerのご紹介をしたいと思います。 …

Yet Another Bioinformatics Library

バイオ分野で使われているプログラミング言語には、バイオインフォマティクス向けのライブラリが用意されており、BioPerlやBioPythonなどをご存知の方は多いかもしれません。 最近注目されているGoogleによって開発されたGO言語にも、バイオインフォマティク…

フリーソフトで始める融合遺伝子解析入門

2016年5月20日に開催した第44回、および27日に開催した第45回バイオインフォマティクス勉強会の 「フリーソフトではじめるNGS融合遺伝子解析入門」の資料を、一部修正してSlideShareに公開いたしました。 RNA-seqの基本的な解析方法にはじまり、融合遺伝子解…

新入社員のmisawatです。

2016年4月18日より、こっそり入社していましたmisawatと言います。 出身は神奈川ですが、相模原に住んでいるのでアメリエフのオフィスは少し遠いです。 大学では医療、大学院では分析科学をやってきました。 最近の分析機器は高性能なので簡単にビッグデータ…