アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

オフィスが田町に移転しました

新年度となり気持ちも新たに新オフィスで業務を開始いたしました。 オフィスの広さは約2.5倍になり新メンバーを迎え入れてのスタートです! たくさんの方々から、引っ越し祝いを頂きました。 さらに身を引き締めて取り組んでまいります。

第44回・第45回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるNGS融合遺伝子解析入門」開催のお知らせ

5月20日、5月27日に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 (東京開催、大阪開催とも同様の内容となります。) 《講師》 山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長) 尾上 広祐 (バイオインフォマティクス事業部データ解析担当) 《…

新卒入社して1年後のバイオインフォマティシャンからみたアメリエフ

こんにちは、onouekです。私はバイオインフォマティクスエンジニア(遺伝子データ解析のエンジニア)として昨年の4月に入社しました。入社して1年経った今、データ解析エンジニアの自分にとってアメリエフという会社がどういう環境なのかということを自分な…

STARとCufflinks

RNA-seq解析におけるマッピングソフトウェアの選択肢は、TopHat一強から、STARもずいぶん多く使われるようになってきました。 性能や速度から、STAR一択! と言い切る人もいますが、まだ根強くTopHatユーザもいるという印象です。 マッピングは解析の中でも…

本社移転のお知らせ

この度、業務拡大に伴い、2016年4月18日(月)より下記の通り本社を移転する運びとなりました。つきましては、移転に伴い、住所、電話番号、FAX番号が変更となりますので、恐れ入りますが、お取り計らいの程よろしくお願い申し上げます。 なお、現住所、電話…

日本経済新聞に掲載されました

2016年2月17日の日本経済新聞にて、「ユーグレナ、遺伝子解析のベンチャーに出資 」という見出しで記事が掲載されました。 ●記事はこちらよりご覧いただけます http://www.nikkei.com/article/DGXMZO97328210W6A210C1000000/ 専門性の高い解析技術を持つ弊社…

毎日新聞「経済プレミア」に弊社代表 山口と、経営顧問 丸との対談連載記事第一弾が掲載されました

毎日新聞社のビジネスサイト「経済プレミア」に、代表取締役社長CEO 山口 昌雄と経営顧問 丸 幸弘 (株式会社 リバネス 代表取締役CEO)の対談記事「第一弾」が掲載されました。 「経済プレミア」は「政治・経済」「IT・テクノロジー」「社会・カルチャー」…

新規メンバー募集!

アメリエフは、基礎研究を支援した6年間の実績をもとに、 “生命を理解し豊かな社会を実現する”というビジョンを掲げ、 「健康」「医療」分野のサービスをより充実させ 「遺伝情報と健康を結びつけるプラットフォーム」の実現を目指します。 そこで、事業拡大…

稼働中のタスクをtopコマンドで!

サーバで動いているタスクを「top」コマンドで確認してみましょう。 コマンドはとてもシンプルです。$ top システムのCPU使用率順に、稼働中のプロセスが表示されます。図ではpsiblastとvimが一番プロセスを使用していますね。プロセスを稼働しているユーザ…

AWKでフィルタリング

以前の記事(TopHat-Fusionの結果の見方)で、 「Linuxコマンドのawkを使ってfusions.outをフィルタリングする方法もあります」と書いたので、 今回はawkコマンドのご紹介をしたいと思います。 AWKコマンドは主に、テキストファイルから要素を抜き出したりする…

snpEffのアノテーション書式

たびたびブログでもご紹介している、アノテーションソフトsnpEff、一年前の9月にバージョン4.0になったとご紹介しましたが、2015年1月現在のバージョンは4.2です。 snpEffで付与されるアノテーションの書式は、以前は下記のような「EFF=...」でした。 ##INFO=

ファイルのコピーに失敗するときは転送速度を落としてみる

こんにちは、久保(kubor)です。 少し前からオフィスの近くで大阪風のお好み焼きを提供するお店を探しているのですが、どうも広島風の赤いお店が多い気がします。外付けHDDからのコピーに失敗することがある ところで、弊社では日々お客様からのデータを受け…

Chromeで開いてる全てのタブのタイトルとURLをMarkdown形式で取得する

こんにちは、雪のようなくちどけを経験できなかった青春時代は、アニメや漫画で上書きすればいいと思っている久保(kubor)です。 メルティーキッス くちどけラム&レーズンすごく美味しい! いつのまにかChromeのタブが増えるさて、バイオインフォマティシャ…

Google日本語入力なら矢印の入力が簡単

こんにちは、久保(@kubor_)です。 スマートフォンのバイブモーターが経年劣化のためか、軸ブレしており、ギュイーンギュイーン鳴ってしまうんですが、買い替えどきでしょうか。ウェイトの偏りが振動を生みます正常なバイブモーターであれば、軸がブレず、…

バイオインフォマティシャンでも、pecoがしたい!

先日、ついに日比谷線を利用しました、久保(kubor)です。 先日pecoが話題になっていた傍ら、社内ではなかなか広まらずに、寂しい思いをしているので、バイオインフォマティシャンにもおすすめの使い方を紹介いたします。 0. pecoってなに 標準入力で受け取…

IGVから配列を取得する

IGVのちょっと便利な機能に気づいたのでご紹介します。 ゲノム上の目的の領域の配列を、IGVだけを使って取得してみましょう。 IGVのバージョンは2.3.3で確認しました。 1. BEDで指定したfeatureの配列を取得する ChIP-seq解析で出力したピーク(BED形式)上…

TopHat-Fusionの結果の見方

TopHat-Fusionは、マッピングソフトのTopHatから派生した機能で、融合遺伝子を検出するのに広く使われています。 TopHat-Fusionを実行すると、fusions.outという候補となるポジションやリード数などの情報が出力されます。fusion.outの説明は、NGS Surfer's …

cpコマンドの進捗状況をチェックする

コピー中にあとどれくらいか知りたい時があるんです、 特に`cp -v`を忘れた時に有用 Xfennec/progress 調べたら、こちらのprogressを使うと簡単にできますダウンロード$ git clone https://github.com/Xfennec/progress.git Initialized empty Git repositor…

ヘビーな夏

弊社が一部講義を担当した平成27年度NGSハンズオン講習会のアンケート結果を、事務局のかたから送っていただきました。 私が担当したSh、Perl、Pythonに関しては、「易しいと思っていたらいきなり最終課題が難しくなった」というご意見が多かったです。 実は…

どの括弧が閉じているのかよく分かるVimの設定

京都支店に居た頃、鴨川でサンドウィッチを食べているところをトンビに襲われ、出血したことがある久保(kubor)です。 Vimを使っていて、コーディング中、 括弧が重なって困るなら、対応する括弧をハイライトしましょう。 もしくは対応する括弧へカーソルを…

どんな改行コードでも・後

前回に引き続き改行コードの処理の話です。 今回はPerl・Pythonのなかでどう扱うか、コード例を挙げて説明します。 perlの例 行末の「¥n」はchompで取り除くことができます。それ以外は正規表現を使うと簡単と思います。 open IN,"file.txt" or die "$!";whi…

どんな改行コードでも・前

弊社のトレーニングやNGSハンズオン講習会などでPerlやPythonに触れた方は「『¥n』で行の末尾を示す」と聞いたことがあると思います。 『¥n』はLine Feed、LFとも呼び、LinuxまたはMac OS Xで使われる改行コードです。改行コードはOSの種類やバージョン、ソ…

Somatic SNV検出編

2014年6月21日に開催した、アメリエフ株式会社・第33回バイオインフォマティクス勉強会の「フリーソフトではじめるがん体細胞変異解析入門」のスライドをSlideShareにて公開いたしました。 主に、ブログでもご紹介したことがあるソフトウェアSomaticSniperを…

Pythonでgzipされたテキストファイルをcsvモジュールで読み込む

gzip圧縮されたファイルをPythonで読み込むときには、少し注意が必要です。 例として、手元に偶然あった魔法の言葉が書かれたタブ区切りテキストファイルを使用してみます。 zcat supercalifragilisticexpialidocious.txt.gzsuper cali fragilistic expia li…

シェル芸

hatです。 先日、jus & USP友の会さんのシェル芸勉強会に参加してきました。 シェル芸は、USP友の会会長上田さんのブログで次のように定義されています。 「マウスも使わず、ソースコードも残さず、GUIツールを立ち上げる間もなく、あらゆる調査・計算・テキ…

Pythonを書くときに、タブじゃなくてスペースでインデントする

こんにちは。 先日、金さん(kimk)がお土産で買ってきてくださった栗羊羹があまりに美味しかったので、いっそ羊羹をまとめ買いするかどうか、悩んでいる久保(kubor)です。 羊羹のまとめ買いで悩む方が読者にいるかどうかはわかりませんが、プログラムを書…

Pythonでタブ区切りテキストの読み込み

世の中には、2種類の人間がいる。 タブ区切りテキストを使う人と、使わない人だ。 こんにちは、タブ区切りテキストを使う人、久保(kubor)です。 Pythonでタブ区切りテキストを読み込むときは、csvライブラリが便利です。 標準ライブラリなので環境依存をそ…

重複値の削除や抽出

Rで、ベクトルなどに含まれる重複した値をユニークにしたいとき、unique()を使用します。 > a [1] "AAA" "BBB" "CCC" "AAA" > unique(a) [1] "AAA" "BBB" "CCC" linuxコマンドの、隣り合っている重複行をユニークにするuniqコマンドとよく混同して、uniqと書…

Excelの1セルにコンマ区切り文字列を入れる

解析結果を出力する際、複数の数値をコンマで結合して羅列したいことがあります。 例えばBEDフォーマットでは、エクソンの長さや開始位置を示すblockSizesやblockStartsには「468,69,147,159」や「0,608,1434,2245」のような値を入れることになっています。 …

Vimで不可視文字を表示させる方法

こんにちは、まだ都営三田線に乗ったことがない久保(kubor)です。 先日CentOS6.7がリリースされましたね。 個人的に、Vim7.4に対応したのが嬉しいです。 嬉しいので、VimのTipsを書かせてください。 「Vimで不可視文字を表示させる方法」です。 Vimに限ら…