アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

python : importで自分で書いたプログラムを使おう

pythonの`import`を用いると、パッケージを読み込んで様々な関数を使えます。 自分で定義した他のpythonプログラムもimportできます。長いプログラムを書くときや、機能別にファイルを分けたいときに便利!

推薦状ー

海外の大学院を受験するという元インターンシップ生に推薦状を書きました。

pythonで重い計算の実行時間を減らす発想

pythonでloopのご利用は計画的に!

ちょっとした本

今回は学生から初学者向けにちょっとした本をご紹介します。

食?

食(食べる方じゃないよ!)

Dockerfileを用いた初期設定:ユーザ追加

Dockerfileを用いたdockerイメージ生成、およびdockerイメージに対する設定をします。題材として、CentOS7のdockerコンテナにユーザを追加してみます。

docker超入門

dockerを使うと自分のサーバやPC内に独立した仮想環境を作ることができます。 起動やファイル移動などの使い方を簡単に紹介します。

遺伝子シンボルから遺伝子領域ファイル(BED)生成

「あれ?この遺伝子どこにあったっけ?」 遺伝子アノテーションソフト"SnpEff"の隠れた名機能、遺伝子シンボル ⇨ BED の変換について!

メディカルAI学会

今回は企業ブースとして参加させてもらった第二回日本メディカルAI学会についてちょこっと書いていきます。今回の学会では、人間が解釈できる結果を出すAIを作る試みが紹介されていていました。

pythonで連番の関数実行や呼び出し

こんにちはーhr-kです。pythonで、同じような関数を100回書かないといけないこと、ないですか?? 「括弧内の文字列をpythonのコードとして実行する」`exec`という関数で解決!コード例付き!

フレックス+リモート

台風で実感したこと。「フレックス + リモートワーク」はマジですごい。安心して家でお仕事または防災行動ができる!

意外と

こんにちは、hr-kです。物理の分野から移ってきたhr-k、たくさんのお客様やバイオインフォの研究者の人たちにあって実感したことがあります。それは。。。

pythonの辞書型の使い方

こんにちは、hr-kです。今回はpythonで多用する「辞書(dict)型」の使い方を簡単にご紹介します。 pythonで辞書は以下の形で定義できます。 # {key1:value1, key2:value2, ...} >>> test = {'A': 'Archaeology', 'C': 'Cosmology', 'G': 'Geology', 'T': 'Top…

cronを用いたコマンドの定期実行

こんにちは、hr-kです。今回はcronを用いたコマンドの定期実行について書いていきます。 「毎週このサーバの容量のログをとりたい」、「10分置きにこのコマンドを実行したい」ということがよくあります。 こんなとき、よく使われるのがcronと言うシステムで…

pythonでキャッシュをとる

こんにちは、hr-kです。今回はpythonで、同じ関数を使い倒す時に、より早く計算する手法をご紹介します。 pythonで以下のようなコード(test.py)を書くとします。 import time def test(text): # なんか重たい処理 texts = '' for i in range(1000): texts = …

ベンチャーピッチイベント

こんにちは、hr-kです。今回は先日参加させてもらったベンチャーピッチイベントについて書きたいと思います。 ベンチャーピッチイベントは株式会社リバネスさんの16周年記念と同時に行われたイベントです。 リバネスさんが支援する様々なベンチャー企業が…

データ移行やバックアップ

こんにちは、hr-kです。今回はデータの移行を行う際によく使われている便利なコマンドをご紹介します。 サーバ間でのデータ移行やバックアップを取るときによく使われるコマンドがrsyncというコマンドです。 使い方は $ rsync 同期元 同期先 としてファイル…

CentOSでスペックを確認

こんにちは、hr-kです。今回はコマンドラインからCentOS系のマシンでスペックを確認する方法について書きたいと思います。 様々なサーバにログインして計算をする際や、サーバの中で計算を並列化したい時、サーバのスペックを調べる必要があります。 この時…

並列化可能性

こんにちは、hr-kです。 今回は計算プログラムの高速化、特にプログラムの並列化可能性に着目した話をしたいと思います。 計算を高速化する方法は大まかに3通りあります。 各CPUを上手に使う(CPU内部でのスレッド構造や型などをうまく利用) 単純にCPUの性能…

宇宙物理からバイオインフォマティクスへ

こんにちは。hr-kです。今回は私の博士課程時代の専門である宇宙物理とアメリエフで取り扱っているバイオインフォマティクスの分野についてプログラミングの観点から少しお話ししたいと思います。 「宇宙物理とバイオインフォマティクスだと全く違いそう」と…

色々なプログラミング言語

こんにちは。hr-kです。今回の記事ではプログラミング言語の向き不向きの話をしたいと思います。 私はこれまでに学生時代を含めるとC言語, Fortran, Python, Rなど、複数の言語を用いてソースを書いてきました。 私の主観ではありますが、初学者向けにC言語,…

vcfファイルの読み出し(python)

こんにちは。hr-kです。今回は、前回の記事で書いたRでの方法に続いてpythonでvcfファイルを扱う方法を書きたいと思います。 pythonでvcfを開くときには、pyvcfが非常に便利です。 コマンドライン上でpipを通してインストールできますpip install pyvcf。 イ…

vcfファイルの読み出し

hr-kです。今回はRでvcfファイルを扱う時の話題で書きたいと思います。 Rでvcfファイルを扱うソースを書いており、気付いたことが一点。 Rでvcfを開くとき、vcfR(説明書のリンク)というライブラリにあるread.vcfRを使うのがすごく便利です。 具体的な使用方…

新入社員のhr-kです

ご挨拶 アメリエフブログをご覧の皆様、はじめまして。 2018年4月からアメリエフ株式会社の社員となりましたhr-kです。 よろしくお願いいたします。 出身地は福井県で、温泉の街から来ました。 高校までは剣道を約10年間やっており、大学では東海地区に出て…