アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

ゲノムブラウザ

IGVから配列を取得する

IGVのちょっと便利な機能に気づいたのでご紹介します。 ゲノム上の目的の領域の配列を、IGVだけを使って取得してみましょう。 IGVのバージョンは2.3.3で確認しました。 1. BEDで指定したfeatureの配列を取得する ChIP-seq解析で出力したピーク(BED形式)上…

RepeatMaskerViz.トラックがかっこいい

UCSC Genome Browserの「GRCh38/hg38」にかっこいいトラックを見つけたのでご紹介します。 「RepeatMasker Viz.」というトラックです。 下図の上がRepeatMaskerトラック、下がRepeatMasker Viz.トラックです。 RepeatMasker Viz.はRepeatMaskerを視覚的に表…

samtools tview

マッピング結果(BAMやBEDなど)を表示するビューアはいろいろありますが、最近はBroad InstituteのIGV(Integrative Genomics Viewer)が主流のようです。 おなじみsamtoolsにもtviewというCUIベースのビューアがあるのをご存知でしょうか。 今日はこのsamt…

BEDフォーマット完全解説

BEDフォーマットはゲノム上のポジションを示すのに使われているフォーマットで、遺伝子や結合部位などを示すのに広く使われています。 元々はUCSC Genome Browserで使われていたフォーマットですが、最近は様々な解析ソフトウェアでも読み書きできるようです…

BEDTools 4

BEDファイルを作成してIGVで表示してみましょう。 1.下記の一行を書き込みtest.bedとして保存します。chr22 1000 5000 cloneA 1000 + 1000 5000 255,0,0 2 500,250 0,35002.IGVを起動します。メニューバーの「File」をクリックして「Load from File..」…

BEDTools 3

以前、BEDToolsについて簡単にご紹介しました。 「BEDファイル」とはどんなファイルなのか、続きを書きたいと思います。 ファイルに記入できる情報以下の通りです。 1.chrom 2.chromStart 3.chromEnd 4.name 5.score 6.strand 7.thickStart 8…

UCSC Table Browser 2

昨日は、UCSC Table Browserの簡単な紹介をしました。 UCSC:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables お手元のゲノムブラウザで、特定のデータをアノテーションとして表示させたい場合は、BEDというファイル形式でダウンロードすると良いかもしれません。 B…

UCSC Table Browser 1

ゲノムのアノテーションデータを、お手元にダウンロードしたい時は、 UCSC Table Browserが便利です。 UCSC:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables ファイル形式も、8種類から選択できます。

IGV 2.0 beta版

以前何度か紹介させていただいたBroad InstituteのゲノムブラウザIGV(Integrative Genomics Viewer)が3月にバージョンアップしていました。 IGV 2.0 beta版です。 ダウンロードはこちらからどうぞ http://www.broadinstitute.org/software/igv/EarlyAcces…

NGS対応ビューワ2

次世代シーケンサー対応ビューワが続々と公開されています。 ここ http://lh3lh3.users.sourceforge.net/NGSalnview.shtml によく耳にするビューワ7個の機能一覧があります。 フリーのビューワをお探しの方は、是非ご参考にどうぞ。

NGS対応ビューワ

次世代対応ビューワが続々と公開されていますね。 ここ https://ngslib.i-med.ac.at/node/57 の一覧だけでも18個もあります。 果たして、求めている機能を持ったビューワがこの中にあるのだろうか‥ 便利なビューワを見つけたらどんどん紹介していきすね。

IGV「igvtools 6」

今週も、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 今日は、index機能を使います。 IGVでBAM file(.bam)やSAM file(.sam)を表示するには、 ・positionでsortする ・indexを付ける 必要があります。 index情報は、BAM i…

IGV「igvtools 5」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 Tile機能を使って、大きなサイズのファイルをバイナリファイル(.tdf)に変換します。 IGVで表示するときに拡大や画面移動がスムーズになります。 対応しているファイ…

IGV「igvtools 4」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 まず、sort機能を使って、start positionで並び変えます。 対応しているファイルは下記の通りです。.cn, .igv, .sam, .aligned, .psl, .bed, and .vcf IGVからigvtoo…

IGV「igvtools 3」

キムです。お久しぶりです。 今週は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 以前、「igvtools単体を起動させる」方法と「IGVからigvtoolsを起動させる」方法についてお話ししました。 機能についてはこちらをご参…

IGV「igvtools 2」

IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 igvtoolsは、IGVに入力する前にデータの前処理を行うツールです。 ■sort start positionで並び変えます。 ソート済みのファイルを入力するように求められた場合、この機能を…

IGV「igvtools」

キムです。 今週は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 今日は、起動方法についてお話します。 起動方法1「igvtools単体を起動させる」 igvtools_nogenomes_(バージョン番号)/IGVTools/igvtools_gui.batをクリ…

IGV「表示 5」

IGV(Integrative Genomics Viewer)の表示機能をご紹介します。 データパネル ■フィルタ メニューバーの「Tracks」をクリックします。「Filter Tracks...」をクリックすると、「Filter Tracks」ウィンドウが立ち上がります。 条件を設定します。 「+」をク…

IGV「セッションの保存」

IGV(Integrative Genomics Viewer)の保存機能についてご紹介します。 xmlで保存する メニューバーの「File」をクリックします。「Save Session...」をクリックすると、「Save Session」ウィンドウが立ち上がります。 お好きな名前(デフォルトはigv_sessio…

IGV「リファレンスゲノム」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のリファレンスゲノムについてお話します。 用意されている配列はこちらです。 http://www.broadinstitute.org/software/igv/Genomes ツールバーでゲノムを選択します。 まず、Human hg18を選択しました。 遺伝子…

IGV「表示 4」

IGV(Integrative Genomics Viewer)の表示機能をご紹介します。 第4回目になりました。 データパネル ■グループで束ねる メニューバーの「Tracks」をクリックします。「Group Tracks...」をクリックすると、「Group By Attribute」ウィンドウが立ち上がり…

IGV「表示 3」

前回に引き続き少し脱線して、私がよく使うIGVの表示機能をご紹介します。 サンプルパネル ■移動する サンプルをクリックする。 ドラッグ&ドロップで移動する。 ■ソートする メニューバーの「Tracks」をクリックします。「Sort Tracks...」をクリックすると…

IGV「表示 2」

今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。 入力したCNファイル(mynah.sorted.cn)は、縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並ぶファイルです。 今日は少し脱線して、私がよく使う表示機能をご紹介します。 トラックの高さ ■…

IGV「表示」

今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。 これまで、 1.ダウンロード 2.起動 3.CNファイル入力 を行いました。 入力したファイル(mynah.sorted.cn)は、縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並ぶファイルでした。 今…

IGV「画面操作 2」

?番はデータパネルです。 オプションを指定しない場合は、Default Displayが表示されます。 今回のファイルは、「CN」フォーマットなので、データタイプは「Copy number」です。データタイプが「Copy number」の場合、デフォルトのオプションは Default Grap…

IGV「画面操作」

今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。 先週は、下記URLのCNファイルを、IGVに入力しました。 http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/tutorial/gp_fileformats.html mynah.sorted.cnは、縦に238304SNP、横に2つの…

IGV「ファイル入力」

今日は、下記URLのサンプルデータをIGVで表示します。 http://software.broadinstitute.org/software/igv/CN CN File Format欄のmynah.sorted.cn(8.55MB)をダウンロードして保存します。 ファイルの中身を見ます。 SNP Chromosome PhysicalPosition MYNAH_p_…

IGV「CNファイル作成」

今週は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のダウンロードと起動について 書きました。 今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見てみましょう」です。 フォーマットは、シンプルな「CN File Format」を使用します。 タブ区切りのファイルです。 SNP(tab)C…

IGV「起動」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)の起動方法についてお話します。 step1 Windowsの場合は、IGV_(バージョン番号)フォルダのigv_win.batをクリックします。cmd.exeが立ち上がり、ステータスバーが表示されます。 step2 十数秒待っていると、IGV…

IGV「ダウンロード」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のダウンロード方法についてお話します。 step1 Broad InstituteのIGVページを開きます。 http://www.broadinstitute.org/software/igv/ step2 赤枠の部分から登録して、ダウンロードします。 IGV_(バージョン…

ゲノムブラウザのご紹介「IGV 2」

以前IGVについて、少しだけ紹介しました。 今日からは、GWASの解析結果をIGVで見てみましょうというテーマで書いていきます。 次世代のデータに関しては、おいおい説明させていただくということで・・・ 大まかな流れは下記のとおりです。 ■IGV(Integrative…

ゲノムブラウザについて(番外編)

弊社のキムが連載している「ゲノムブラウザ」についてのブログ記事が ご好評をいただいております。 たくさんのアクセスを頂き、本当に嬉しいです。 ありがとうございます。 ゲノムマップを閲覧するビューアーのニーズは10年以上前からありましたが、ヒトゲ…

ゲノムブラウザのご紹介「IGV(Integrative Genomics Viewer)」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)をご紹介したいと思います。 IGVは、米Broad Instituteによって作成されたゲノムブラウザです。 Javaで作成されているので、使用する際はJavaをインストールしておく必要があります。サイトはこちらです。 画面は…

UCSC Genome Browser「続・CNVデータのカスタムトラックを作成する2」

一昨日は、UCSC GenomeBrowserでCNVデータのカスタムトラックを作成しました。今日は、図を少しアレンジしたいと思います。 通常ヒトの細胞には、父由来と母由来の2コピーの遺伝子があると考えられていますが、実際は遺伝子のコピー数が、1コピー以下に減っ…

UCSC Genome Browser「続・CNVデータのカスタムトラックを作成する1」

昨日は、CNVデータのカスタムトラックを作成しました。 bedGraphフォーマットでデータを入力しましたね。track type=bedGraph name="Tsp1_dup" yLineOnOff=on yLineMark=0.0 description=" " visibility=full color=200,100,0 altColor=200,50,0 chr7 682701…

UCSC Genome Browser「CNVデータのカスタムトラックを作成する」

1.UCSC のサイトにアクセスして、Genome Browserに移動 Genome Browserボタンをクリック 2.カスタムトラックを作成 manage custom tracksボタンをクリック 3.ゲノム情報を選択 clade、genome、assemblyをクリックメニューから選択 4.データを入力 tr…

ゲノムブラウザのご紹介「UCSC Genome Browser」

今日は、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)のBioinformatics Teamによって開発・運用されている「UCSC Genome Browser」について、簡単にご紹介したいと思います。 魅力的な点は、 1.検索が高速 2.多様なアノテーション 3.データベースと…

ゲノムブラウザのご紹介

キムです。 お久しぶりです。 明日から、「UCSC GenomeBrowser」と「IGV(Integrative Genomics Viewer)」を使って、いろいろなデータを表示していきたいと思います。 ・UCSC GenomeBrowser http://genome.ucsc.edu/ ・IGV(Integrative Genomics Viewer) …