アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

ゲノムブラウザ

ゲノムブラウザのご紹介「IGV 2」

以前IGVについて、少しだけ紹介しました。 今日からは、GWASの解析結果をIGVで見てみましょうというテーマで書いていきます。 次世代のデータに関しては、おいおい説明させていただくということで・・・ 大まかな流れは下記のとおりです。 ■IGV(Integrative…

ゲノムブラウザについて(番外編)

弊社のキムが連載している「ゲノムブラウザ」についてのブログ記事が ご好評をいただいております。 たくさんのアクセスを頂き、本当に嬉しいです。 ありがとうございます。 ゲノムマップを閲覧するビューアーのニーズは10年以上前からありましたが、ヒトゲ…

ゲノムブラウザのご紹介「IGV(Integrative Genomics Viewer)」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)をご紹介したいと思います。 IGVは、米Broad Instituteによって作成されたゲノムブラウザです。 Javaで作成されているので、使用する際はJavaをインストールしておく必要があります。サイトはこちらです。 画面は…

UCSC Genome Browser「続・CNVデータのカスタムトラックを作成する2」

一昨日は、UCSC GenomeBrowserでCNVデータのカスタムトラックを作成しました。今日は、図を少しアレンジしたいと思います。 通常ヒトの細胞には、父由来と母由来の2コピーの遺伝子があると考えられていますが、実際は遺伝子のコピー数が、1コピー以下に減っ…

UCSC Genome Browser「続・CNVデータのカスタムトラックを作成する1」

昨日は、CNVデータのカスタムトラックを作成しました。 bedGraphフォーマットでデータを入力しましたね。track type=bedGraph name="Tsp1_dup" yLineOnOff=on yLineMark=0.0 description=" " visibility=full color=200,100,0 altColor=200,50,0 chr7 682701…

UCSC Genome Browser「CNVデータのカスタムトラックを作成する」

1.UCSC のサイトにアクセスして、Genome Browserに移動 Genome Browserボタンをクリック 2.カスタムトラックを作成 manage custom tracksボタンをクリック 3.ゲノム情報を選択 clade、genome、assemblyをクリックメニューから選択 4.データを入力 tr…

ゲノムブラウザのご紹介「UCSC Genome Browser」

今日は、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)のBioinformatics Teamによって開発・運用されている「UCSC Genome Browser」について、簡単にご紹介したいと思います。 魅力的な点は、 1.検索が高速 2.多様なアノテーション 3.データベースと…

ゲノムブラウザのご紹介

キムです。 お久しぶりです。 明日から、「UCSC GenomeBrowser」と「IGV(Integrative Genomics Viewer)」を使って、いろいろなデータを表示していきたいと思います。 ・UCSC GenomeBrowser http://genome.ucsc.edu/ ・IGV(Integrative Genomics Viewer) …