染色体上の着目箇所を可視化する R パッケージ chromoMap についてご紹介！

カラースケール調整に関する、ggplot2 の 3 つの関数についてご紹介！

各クラスタや各サンプルの細胞割合を、積み上げ棒グラフで可視化する方法をご紹介！

nf-coreで公開されているNextflowパイプラインをカスタマイズする方法について解説

Nextflowを利用して、RNA-seqパイプラインを実行する方法について解説

Nextflowの基本的な使い方について解説

バイオインフォマティクス解析で使用されるNextflow言語について解説

シングルセル解析パッケージ Seurat の FindConservedMarkers() 関数を用いて、異なるサンプルで共通しているマーカー遺伝子を調べる方法について説明！

BGIシーケンサーデータに対する問い合わせが増えてきたため、Trimmomaticを使ってアダプター配列除去を行う方法をお教えします。

Reactome のデータを使うことで、第二階層のパスウェイを検索する方法を紹介！

R パッケージ EnhancedVolcanoを用いて、Volcano Plot を綺麗に描く方法をご紹介します。

RNA-seqのデータから発現変動遺伝子（DEG）を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。

Seurat と Monocle のプロットの配色について解説

scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説！

アラインメントファイル（BAM）から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル（BED）を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう！【コマンド例あり】

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開！

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Rパッケージ "ReactomeContentService4R" の getPathways() 関数を使って、Reactome Pathwayの最上位のPathway名を検索する。

GATK liftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する方法です

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。

Rを使って、発現マトリックスに遺伝子の色々な情報を追記します。

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

BAM/SAMファイルのヘッダーにある項目のひとつ「PP」タグについて説明します。エラー対処法も。

LInuxのsedコマンドでbedファイル内の染色体名を変更する方法

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

VCFを分析できるPythonモジュール・cyvcf2の紹介です⭐️

日本分子生物学年会にて、入門者向けのセミナーを行いました（ででん！） 年会に参加登録した方は2021/01/29 まではアーカイブとしてご覧いただけます。

全ゲノムFASTAだけでなく、染色体ごとのFASTAの入力が必要な解析ツールってありますよね🥺全ゲノムFASTAならある、、、そんな時はpythonですぐに作れます💫