アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

バイオインフォマティクス

すら(SRA)っとクイック(Q)に変換

NCBI SRAからダウンロードしたファイルがsraフォーマットの場合、以下のコマンドでまとめてfastqに変換すると便利です。 $ find . -name '*.sra' -exec fastq-dump {} ¥; fastq-dumpについては NCBI SRA Toolkitの使い方 も、findコマンドについては findの-…

ChemmineRを使ってみよう【1】

ChemmineRというパッケージの使い方をご紹介します。 オンラインでケモインフォマティクス解析を行えるChemMine ToolsというツールのRパッケージです。 ぱっと見て「けみなー」と読みましたが、もともとのツールがChemMineなので、「けむ・まいなー」と読む…

あとはまかせない

以前、atコマンドを使うと時間差でコマンドが実行できて便利だという記事(あとはまかせた!)を書きました。 atコマンドはとても便利で普段から活用しているのですが、仕掛けたタスクをとりけしたい場合もあると思います。 そんな時は、「at -l」で仕掛けた…

お花見メタゲノムに参加します!

東京に開花予想が出た頃、お花見メタゲノムプロジェクトの採取キットが届きました! 個人で参加するので解析まではお手伝いできないかもしれませんが、これを機にメタゲノム解析について少しでも勉強できればいいなと思っています。 サンプルの採取場所は、…

ReactomePAを使ってみた

パスウェイデータベースReactomeをRから操作できるBioconductorパッケージ、ReactomePAを使ってみました。 インストール > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite("ReactomePA") テスト実行 > library(ReactomePA) > library(DOSE) > dat…

findの-execオプション

findコマンドの-execオプションを使うと、findの結果を他のコマンドで実行することができます。 例:現在のディレクトリにある *.gz ファイルを全て解凍する $ find . -name '*.gz' -exec gunzip {} ¥; ・findの結果が{}に入ります。 ・末尾の「¥;」の前には…

アメリクのご紹介

アメリクとは…… バイオ研究の解析に使用するソフトや解析手法について、無償で調査するサービスです。 調査結果はアメリエフのブログでご紹介いたします→ソフトの紹介例 「学会で●●というソフトについて聞いたけど、どんなソフトだろう? メリットやデメリッ…

SAM/BAMのフラグの意味を教えてくれるサイト

SAM/BAMのFLAG列には、そのリードまたはペアとなるリードの マッピング状態に関する情報がビットの和で示されています。 例えばあるリードがFLAG=12だった場合、12は2進数で1100となり、 SAM Specによると「マップされなかったリード」は0x4で 「相方がマッ…

FastQCの新機能

FastQCにv0.11.1から次のチェック項目が追加されています。 ・Per tile sequence quality タイル単位のクオリティが出せるようになりました。 ・Adapter Content これまではOverrepresented sequencesでアダプタも確認していましたが、アダプタ混入率を示す…

OR条件でgrep

Rでgrep 続・Rでgrep grepのこんなオプション grepを数えるオプション 普段解析でよく使うコマンドのためか、このブログはgrepネタが多い気がします。 ということでまたgrepネタです。 grepで特定の文字列を含む行を抜き出す場合、文字列を¥|でつなげること…

snpEffバージョンアップ

アノテーションソフトsnpEffが1.4.0にバージョンアップしました。 GRCh38/hg38に対応しています。待ってました。 まだ安定ではないようで、頻繁にマイナーバージョンアップを繰り返しています(2014-09-25現在、最新バージョンは1.4.0 Eです)が、早く新しいゲ…

初めてのClinVar

だんだん肌寒くなってきましたね。kitanoです。 私が入社して3週間になろうとしていますが、今回はその中で私が初めて知った言葉をひとつピックアップして解説していこうかと思います。 その言葉とは「ClinVar」です。 ヒトの研究に携わっていらっしゃる方々…

STAR(1)

RNA-seqデータを高速にマッピングするソフトウェアSTARについて ご紹介します。 A. Dobin et al, Bioinformatics 2012; doi: 10.1093/bioinformatics/bts635 "STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner" ◆STARのインストール $ wget http://STAR.googlecod…

BEDtoolsのオプション

BEDtoolsは何かと便利なツールです。当ブログでも、intersectBedの記事のページがアクセスランキング上位になっています。。 つい最近までBEDtoolsのバージョンはずっと前にインストールした2.13を使っていましたが、先日より新しいバージョンのものを使った…

ヒートマップ図の色指定

Rでヒートマップ図を描く時、gplotsパッケージに用意されている色のセットを使うと、色指定が楽です。 > install.packages('gplots') > library(gplots) 論文などを見ていると、最近は青→白→赤が多いような気がするのは私だけでしょうか。 青→白→赤は、「blu…

grepを数えるオプション

特定の文字列を含む行を抜き出す便利なコマンドgrep。 最近便利に使っているオプションをご紹介します。 それは grep -c 。 grepコマンドで取得できた行数を出力してくれるオプションです。cはcountのcと覚えています。 これを知らなかったときは、grepコマ…

hg38調査(1)

hg20/GRCh38が出る と浮かれていた、去年の夏。 やっと出たhg38(hg20という名前では無かった)をダウンロードして 染色体の長さやNの数を調べた 今年の正月。 それで満足してその後hg38のことはすっかり忘れていましたが、 気が付くと8月も後半。小学生は夏…

名前が2つ?

学生時代に研究していた植物のタンパク質には、2つの名前がありました。 そのタンパク質をつくる遺伝子をノックアウトすると起きる現象由来の名前と、タンパク質の機能由来の名前です。そのタンパク質の研究は、ノックアウトにより起きる現象から始まったた…

Pythonで計算する時の注意点

Pythonで計算結果を小数点以下まで得たい時、単純に val = 3 / 10 としてしまうと、結果が0になります。 val = float(3) / 10 のように、どちらかをfloat型にして計算すると0.3が返ってきます。 Perlだと $val = 3 / 10; で0.3が返ってくるので、Pythonでも…

headとtail

会社(神田)の近くにおいしい鯛焼屋さんが二軒あります。 どちらも餡がたくさん詰まっていて、熱々の焼き立てをほうばると 小麦粉と重曹の香ばしい香りが鼻に抜け、たまらぬおいしさです。 会社が神田に移転して良かったと思うひとときです。 ところで、み…

VCFのアノテーション

SnpSiftを使うと、VCFにdbSNPや1000Genomesのアノテーションをつけることができます。 (1)アノテーション用のデータを以下からダウンロードして解凍します。 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606/VCF/00-All.vcf.gz (2)SnpSiftを実行しま…

HGVDについて (3) 平均depth編

HGVDについて (1) HGVDについて (2) サンプル数編 ※※ 前回の記事まで、データベースの名称を誤っておりました。ブログをご覧くださった皆様、並びに関係者様各位にご迷惑をおかけしてしまい申し訳ございません。 前の記事に引き続き、Human Genetic Variatio…

GRCh38

ヒトの新しいリファレンスゲノムGRCh38が公開されました。 GRCh37(≒hg19)と比較してどれくらい変わったのでしょうか? まずは、各染色体の長さや、N(不明塩基)の数がGRCh37→GRCh38で どのように変わったか調べてみました。 染色体長の変化 ・各染色体に…

HGVDについて (2) サンプル数編

(前の記事) (次の記事) Human Genetic Variation Databaseで公開している日本人ゲノムデータの、データの確からしさの判断に使えそうな項目を見てみます。 配布されている圧縮ファイルをダウンロードし、解凍しますと、READMEとタブ区切りテキストの2つ…

bwa memの-Mオプション

bwaバージョン0.7が去年の2月にリリースされて、 ほぼ1年が経とうとしています。 もう0.7に切り替えた方も多いのではないでしょうか。 bwa 0.7では、memというコマンドが使えるようになりました。 memは従来のbwaswの後継で、ロングリード(〜1Mbp)に使える…

CircosでSelfChainを描く(3)

CircosでSelfChainを描く(1) CircosでSelfChainを描く(2) のつづきです。 手順 (1)データファイル用意 (2)設定ファイル作成 (3)Circos実行 データファイルも設定ファイルも用意できましたので いよいよ「(3)Circos実行」を行います。 次の…

CircosでSelfChainを描く(2)

CircosでSelfChainを描く(1)のつづきです。 手順 (1)データファイル用意 (2)設定ファイル作成 (3)Circos実行 今回は「(2)設定ファイル作成」を行います。 以下のような内容のtest.confという名前のファイルを作成します。 <<include colors_fonts_patterns.conf>> <image> <<include etc/image.conf>> </image> karyotype </include>…

CircosでSelfChainを描く(1)

Circosを使ってみようでご紹介したCircosを使って、 以下のようなヒトのChainSelfの図を描いてみたいと思います。 手順 (1)データファイル用意 (2)設定ファイル作成 (3)Circos実行 今回は「(1)データファイル用意」を行います。 ChainSelfは、ヒ…

HGVDについて (1)

先月の11月12日、日本人のゲノム情報データベースHuman Genetic Variation Databaseが公開されました。このことは一般紙でも報道されました。 以前の連載でも、ゲノム情報のデータベース、特に人種や民族別のデータベースが、高スループットの遺伝子解析機器…

DeNovoGear

tokunagaです。 有言実行です。 第2回使ってみたシリーズです。 今回ご紹介するのは DeNovoGear サイト http://denovogear.weebly.com/index.html 論文 http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n10/full/nmeth.2611.html trioデータからDeNovoのmutationや…