アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

統計解析ソフトR

R 「関数textとlegend 2」

まず、irisデータの散布図を描きます。 speciesデータ(5列目)ごとに、記号の形と色を変えます。 次に、関数legendで凡例を書き加えます。 # 読込 data(iris) # 散布図 png("110112_iris.png", height=600, width=400) plot(iris[,1], iris[,3], xlab="iris[,…

R 「関数textとlegend 1」

関数textを使って、作図領域に文字列を描画する。 text(x, y, labels, ...) 関数legendを使って、凡例を追加する。 legend(x, y, legend, ...) 今週は、ふたつの関数を使用して、図の中に文字を入れていきたいと思います。

R「グラフィックス参考実例」

Rで作図する際、見やすい図にこだわり始めると、結構な時間がかかってしまいます。日頃からRwikiに大変お世話になっていますが、とっても素晴らしいページを発見したのでメモします。 グラフィックス参考実例集 プログラムの実例が沢山載ってます

Rを使って図を描こう5

今日は、研究対象の集団の特性を見ていきたいと思います。 ここでの臨床データは、測定数値などの連続変数を対象にします。 臨床データのファイル名は「clinical.txt」にしました。 number Age HT BW BMI Waist HbA1c Adiponectin IL.6 Leptin 1 51 169.5 5…

Rを使って図を描こう4

昨日は、Rで図を描くために 1.データファイルの準備 2.データファイルの読み込み の2ステップを行いました。 今日は、3ステップ目の「グラフの描画」です。 作図ドライバを起動して、PNG形式の画像ファイルに書き込んでいきます。 「''」の中でファイ…

Rを使って図を描こう3

ここでは、Expression-QTL解析により示唆された複数のeQTL候補のうち、ひとつだけを選び出して、図を作成し保存すると想定して作業していきたいと思います。 Rで図を描くための簡単な手順は以下の通りです。 1.データファイルの準備 2.データファイルの…

Rを使って図を描こう2 -Rの準備-

RをCRAN(The Comprehensive R Archive Network)からダウンロードします。OSによってダウンロードするファイルが違うのでご注意ください。 次に、インストールします。 Macintosh の場合は、http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/begin.html Windows・Linux の場…

Rを使って図を描こう1

キムです。 先週は、PLINKを用いたQTL解析やGWAS、Expression QTL解析を紹介してきました。 今日からは、ExpressionQTL解析で有意差が確認されたSNPのデータから、 Rを使って箱ひげ図を作成する作業をしていきたいと思います。 Rは統計計算とグラフィック機…