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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

GISTIC解析

きむです。 本日は、GISTIC解析についてご紹介します。 GISTICとは、ヒトのがん細胞における Somatic Copy-Number Alterations( SCNAs )を検出するためのツールです。 論文はこちらです。 GISTIC2.0 facilitates sensitive and confident localization of th…

DNAcopy

tokunagaです。 前回はgenoCNというパッケージについてご紹介させていただきましたが、 本日もSNPジェノタイピングアレイを用いたCNV検出ツールにつきまして簡単にご紹介をしたいと思います。 RのBioconductorのパッケージのDNAcopyです。 genoCNはHidden Ma…

CNV検出ツールのご紹介

tokunagayです。 本日はSNPジェノタイピングアレイを用いたCNV検出ツールのご紹介をしたいと思います。 RのBioconductorのパッケージのgenoCNです。 genoCNに関する論文では、以前ブログでご紹介したことのあるPennCNVとの比較も行われています。 個々のcopy…

PennCNVがマイナーバージョンアップしてます

弊社でCNV解析に主に利用している「PennCNV」ですが、頻繁にバージョンアップ(マイナーな機能追加)がされています。 8月のバージョンアップでは、画像の出力がフォローされたようです。 加えて、イルミナ社のアレイチップ「HumanCytoSNP12 V1」と「HumanOm…

CNV解析 -CNVデータの比較-

先週から、100検体のSNPジェノタイピングアレイデータをCNV解析する方法について、少しずつ紹介してきました。 50人の患者さんから、100検体(腫瘍細胞50検体+正常細胞50検体)をそれぞれ採取したと想定して、まずサンプル99HI0698C(腫瘍細胞)のジェノタイ…

CNV解析 -フィルタ機能-

CNV解析 -CNV領域を決定する1-で、腫瘍細胞から得たサンプル99HI0698Cのジェノタイピング結果について解析を行いました。 今日はフィルタ機能を使います。 $ filter_cnv.pl と入力しEnterキーを押すと、Usageが表示されます。 一通りのオプションを設定でき…

CNV解析 -ファイルの形式-

CNV解析 -CNV領域を決定する1-で、腫瘍細胞から得たサンプル99HI0698Cのジェノタイピング結果について解析を行いました。 出力されたデータ「99HI0698C.rawcnv」を見ていきます。 chr3:37957465-37961253 numsnp=3 length=3,789 state2,cn=1 99HI0698C.txt …

CNV解析 -CNV領域を決定する2-

CNV解析 -CNV領域を決定する1-で、腫瘍細胞から得たサンプル99HI0698Cのジェノタイピング結果について解析を行いました。 入力したコマンドを詳しく見ていきます。 detect_cnv.pl -test -hmm /Users/penncnv/lib/hh550.hmm -pfb /Users/penncnv/lib/hh550.h…

CNV解析 -CNV領域を決定する1-

100検体のSNPジェノタイピングアレイデータを、CNV統計解析ソフト「PennCNV」を使って、解析していきたいと思います。 50人の患者さんから、100検体(腫瘍細胞50検体+正常細胞50検体)をそれぞれ採取したと考えます。 まず、サンプル99HI0698C(腫瘍細胞)の…

CNV解析 -PennCNVの使い方2-

今日は、スタートガイドを見ながら、CNV統計解析ソフト「PennCNV」を使用していきます。 ここでは、Linux(CentOS 5.4 64bit)を使用して、コマンドラインで行います。 サンプルデータを見ていきましょう。 exampleフォルダの中に「runex.pl」プログラムがあ…

CNV解析 -PennCNVの使い方1-

今日からは、CNV統計解析ソフト「PennCNV」を使用します。 PennCNVは、SNPジェノタイピングアレイからコピー数多型(CNV:copy number variation)解析を行えるフリーのソフトウェアツールです。 Illumina社とAffymetrix社の各種アレイデータの解析が行えます。…