アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

色々なプログラミング言語

こんにちは。hr-kです。今回の記事ではプログラミング言語の向き不向きの話をしたいと思います。 私はこれまでに学生時代を含めるとC言語, Fortran, Python, Rなど、複数の言語を用いてソースを書いてきました。 私の主観ではありますが、初学者向けにC言語,…

globでパスのリストを取得

kimotonです。 RのカテゴリーはあるのにPythonのカテゴリーないのですね、、勝手に作りました。 パスの取得は、パイプライン開発なんかの際によく必要になります。 Pythonの標準ライブラリglob を使えば、正規表現を使ってパスのリストが取得できちゃいます…

vcfファイルの読み出し(python)

こんにちは。hr-kです。今回は、前回の記事で書いたRでの方法に続いてpythonでvcfファイルを扱う方法を書きたいと思います。 pythonでvcfを開くときには、pyvcfが非常に便利です。 コマンドライン上でpipを通してインストールできますpip install pyvcf。 イ…

お手軽!「上手い文章」お役立ち本

こんにちは。「自分の知識や主張を、知らない人に説明する」ということに学生時代から四苦八苦しているmiyatakeyです。 極めようとすれば一生モノのこのテーマ、お悩みの方は多いのではないでしょうか。 今回はそんな人々で上達法を共有すべく、私の思うお役…

CRANって。。

kimoton です。 皆様休日は何をされてますかね。 わたくしkimoton、最近料理をしているのですが、書店でこのようなものを見つけてしまいました。 週末2時間で作れる! 1週間分のおかず (ei cooking)作者: 結城寿美江,ei cooking編集部出版社/メーカー: エイ出…

vcfファイルの読み出し

hr-kです。今回はRでvcfファイルを扱う時の話題で書きたいと思います。 Rでvcfファイルを扱うソースを書いており、気付いたことが一点。 Rでvcfを開くとき、vcfR(説明書のリンク)というライブラリにあるread.vcfRを使うのがすごく便利です。 具体的な使用方…

おまじない #linuxコマンド #初心者

アメリエフブログをご覧の皆さま、こんにちは。 新入社員のFukuです。最近好きなフラグは --help。 毎日、Linuxのコマンドを打っています。 すると、正しいコマンドを打ったつもりなのに、見本をコピー&ペーストしたのに・・・うまく動かない。赤文字のリン…

就活生の方へ ~馬の合う会社で働く~

こんにちは、miyatakeyです。 この時期、街では就活生の方をよく見かけます。私も去年は就活中でした。 そこで今回はそんな方々宛てに、私が就活を経た今感じる、会社選びについてのお話をしたいと思います。ご参考までに。 さて、突然ですが皆さん、良い会…

2018新卒社員のmiyatakeyです

はじめまして!2018年4月に入社しました、miyatakeyです。 生まれも育ちも東京ですが、ゼロ歳から毎年家族旅行している長崎を第二の故郷に思っています。 好きなことは料理と気まま散歩で、和菓子に目がありません。 大学での専門は細胞生物学です。植物(シ…

新入社員のkimotonです。

初めまして。2018年度4月新卒入社のkimotonと申します。 実は私、1年半前からアメリエフでインターンとして働いておりました。 この度、正式にアメリエフへ入社することとなりましたので、簡単に自己紹介をさせていただきます。 大学ではノーベル賞で話題と…

初めまして。新入社員のFukuです。

平成30年4月にアメリエフに入社しました。Fuku-Iです。 大学院(修士まで)では、動物の生物学を学び、特に卵子に関わる研究をしてきました。 主にネズミを使って実験をする、いわゆるウェットな研究でした。 生体内で起こっている現象を知るためにはこうし…

新入社員のhr-kです

ご挨拶 アメリエフブログをご覧の皆様、はじめまして。 2018年4月からアメリエフ株式会社の社員となりましたhr-kです。 よろしくお願いいたします。 出身地は福井県で、温泉の街から来ました。 高校までは剣道を約10年間やっており、大学では東海地区に出て…

いわて東北メディカル・メガバンク機構 清水 厚志 教授が科学顧問に就任

アメリエフは、いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 清水 厚志 教授を科学顧問として迎えました! この経営体制強化を起点に、ゲノム医療領域における新たな価値創造に向けて、邁進して参ります。 プレスリリースはこちら いわて東北メデ…

IgBLASTのラッパーMiGMAP

抗体のV(D)J配列のマッピングする場合には、BLASTのアルゴリズムを利用したIgBLASTはとても便利です。 しかし、FASTQファイルが使えないことや、出力結果が独自フォーマットであることなどから、扱いづらいと感じることもあります。 また、ローカルで実行す…

QIIME2のはなし。

Hatena Blogに移行してから初投稿になります。 どうもmisawatです。 お客さん向けのBlogチックなテキストは毎回書いてるんですけどねぇ・・・。(← 言い訳です。はいスイマセン。) さて、かの有名なメタゲノム解析プログラムQIIMEがメジャーバージョンアッ…

2017年10月度 2019新卒&インターン採用説明会を行いました!

ご無沙汰してます、アメリエフでインターンをさせて頂いているkimotonです。 10月26日、2019新卒&インターン採用説明会を行いました! またまた記事を書かせていただけるということで、嬉しい限りです。 私が同様のイベントに参加して、インターンとして働…

2018年度新卒内定式を行いました!

こんにちは、人事担当のhachi-aです。 10月2日に内定式を開催しました! 3名の内定者のみなさんにご参加いただきました。 採用結果通達後、内定者全員が顔を合わせるのはこの日が初めてです。 まずは、現場担当社員から、入社までの事前課題の説明を行いまし…

BioJapan 2017に出展いたします。

アメリエフ株式会社は、アジア最大級のバイオパートナリングイベントBioJapanに参加いたします。 厚生労働省が主催する 「ジャパン・ ヘルスケアベンチャー・サミット」に採択され、ブース展示をいたします。 また、一般財団法人バイオインダストリー協会が…

アメリエフがTokyo MXの「ELIZA スペシャル」にて取り上げられました!

9月24日(日)深夜26時35分からTokyo MXにて放送された「ELIZAスペシャル」でアメリエフが取り上げられました! 「ELIZAスペシャル」は最新テクノロジーを駆使して社会課題に取り組む企業や経営者を密着取材したドキュメンタリー番組です。 番組内では仕事に…

GWAS結果を可視化する方法

kubokawamです。 可視化といっても、マンハッタンプロットを作図してからの話です。 GWAS解析を行って(あるいは共同研究先や外注先に行ってもらって)マンハッタンプロットを眺めていると、このSNPをもう少し詳しく見てみたいなあ、近くにある遺伝子とかLD…

アメリエフ株式会社がTokyo MX「ELIZAスペシャル」で取り上げられます!

9月24日(日)深夜26時35分からTokyo MXにて放送される「ELIZAスペシャル」でアメリエフが取り上げられます。「ELIZAスペシャル」は最新テクノロジーを駆使して社会課題に取り組む企業や経営者を密着取材したドキュメンタリー番組です。番組内では仕事に臨む…

第2回アメリエフオープンセミナー開催!!

2012年より、日本の3大バイオバンクの1つである東北メディカル・メガバンク、および、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構は、宮城県、岩手県の15万人を対象とした国内最大のゲノムコホートを目指しています。 今年1月に、岩手医科大学いわ…

第1回アメリエフオープンセミナー開催!

近年、これまで保険収載された遺伝学的検査を補完し、個々人の特性に合った治療法の選択や診断率の向上を目指して、次世代シーケンサを用いた網羅的検査の開発が広く行われています。 熊本大学は、2017年3月より遺伝性脳血管疾患関連遺伝子検査の検査体…

常在細菌叢のメタゲノム解析

皆さんこんにちは。今回はAmeliPress 7月号の内容といたしまして、近年健康との関係が注目されている常在細菌叢の解析関連の話題を取り上げます。 知っていて損はない内容となっておりますので、ぜひ一読してみてください。 常在細菌叢のメタゲノム解析 私た…

網羅的遺伝子検査支援システムAmeliCureが 三重大学病院に採用されました

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)が提供するAmeliCure(アメリキュア)は、三重大学医学部附属病院(以下 三重大学病院)が2017年8月より開始する網羅的がん遺伝子検査「ミライ」の遺伝子検査支援システムと…

独立行政法人国立病院機構 東京医療センターと遺伝性疾患における遺伝子変異解析手法の開発に関する共同研究を開始!

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、独立行政法人国立病院機構 東京医療センター(以下 東京医療センター)と「遺伝性疾患における遺伝子変異解析手法の開発」に関する共同研究を開始します。 遺伝性疾患は…

1ファイル1行ずつ表示する

kubokawamです。 久しぶりにlinuxコマンドのオプションネタを書きます。 コマンドは、これがなくては何もできない、lsです。実行するとファイルやディレクトリなどの一覧を表示してくれます。初心者の方には真っ先に覚えていただきますし、弊社のインフォマ…

アメリエフに興味ある学生向け交流会を開催いたしました!!

「アメリエフに興味ある学生向け交流会」というと、お堅い印象になってしまいますが、今回の会はおそらく名前がなかったので、こんなタイトルにしてみました。 初めまして。去年の9月からインターン生として、お世話になっておりますkimoton と申します。ア…

ナノポア技術で塩基配列を素早く読み取る

皆さん、こんにちは!前回のAmeliPress2月号の記事はお読みいただけたでしょうか? 今回はAmeliPress3月号のナノポア技術について触れたいと思います。 近年注目されている夢の技術ですので、どうぞお楽しみください。 ナノポア技術で塩基配列を素早く読み取…

公益財団法人東京都医学総合研究所とウイルス発がん機構について共同研究を開始

公益財団法人東京都医学総合研究所(以下、東京都医学総合研究所)とアメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、「がんの診断、治療、予防を目的としたウイルス発がん機構の研究」について共同研究を開始します。一…