アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

東京バイオベンチャーズ主催「2019年新卒&インターン学生MeetUp_vol.2」に参加しました!

こんにちは、miyatakeyです。 去る5/29、「 IT x バイオ」を掲げるベンチャー5社と学生さんとの出会いイベント、東京バイオベンチャーズ主催「2019年新卒&インターン学生MeetUp vol.2」に参加しました。 前半は企業からの情報提供のターン。各社代表により…

ファイルの絶対パスを取得する

こんにちはkubo改めkubo-mです。地図アプリがないと目的地にたどり着けない方向音痴です。 家族にある場所への道順を「北に向かって進んでから〇〇で東に折れて……」と説明されて、「歩いている最中に方角なんてわからないから、右に曲がるか、左に曲がるかで…

CentOSでスペックを確認

こんにちは、hr-kです。今回はコマンドラインからCentOS系のマシンでスペックを確認する方法について書きたいと思います。 様々なサーバにログインして計算をする際や、サーバの中で計算を並列化したい時、サーバのスペックを調べる必要があります。 この時…

ピカピカの新入社員、会社説明会に参加しました

ピカピカ新入社員のFukuです✨ アメリエフでは、4月以前から少人数向けの会社説明会が開催されています。 私も、昨年就職活動をした者として会社説明会・懇談会に参加いたしまして、学生さんとお話ししております。 学生さん「Fukuさんは、どうしてアメリエフ…

データ解析プログラムが本当に稼働しているか、リアルタイム監視したい

ゲノムの解析においては、snpEffによるannotateなど時間のかかる計算というのがしばしばでてきます。その最中、プログラムが本当に走ってくれているかリアルタイムに監視したい、ということがままあります。topコマンドをはじめプロセス監視用コマンドは数種…

並列化可能性

こんにちは、hr-kです。 今回は計算プログラムの高速化、特にプログラムの並列化可能性に着目した話をしたいと思います。 計算を高速化する方法は大まかに3通りあります。 各CPUを上手に使う(CPU内部でのスレッド構造や型などをうまく利用) 単純にCPUの性能…

カーソルキーからの卒業~コピペを添えて~【ショートカットキー】

入社し日常的にlinuxを使い始めて1カ月半が経ちました、miyatakeyです。 目下の目標は「カーソルキーからの卒業」です。コマンドラインやvimで、カーソル移動にはついカーソルキーを触ってしまいます。ですが一行が長いことはざらですから、効率アップにショ…

カラフルなマンハッタンプロットを描く

SNP解析、GWASの結果の図示に広く使われるマンハッタンプロット。 これをカラフルにする方法、色の例をご紹介します。 マンハッタンプロットの作図には、統計解析ソフトRの、CRANパッケージ qqmanを利用すると簡便です。 install.packages("qqman") #パッケ…

宇宙物理からバイオインフォマティクスへ

こんにちは。hr-kです。今回は私の博士課程時代の専門である宇宙物理とアメリエフで取り扱っているバイオインフォマティクスの分野についてプログラミングの観点から少しお話ししたいと思います。 「宇宙物理とバイオインフォマティクスだと全く違いそう」と…

色々なプログラミング言語

こんにちは。hr-kです。今回の記事ではプログラミング言語の向き不向きの話をしたいと思います。 私はこれまでに学生時代を含めるとC言語, Fortran, Python, Rなど、複数の言語を用いてソースを書いてきました。 私の主観ではありますが、初学者向けにC言語,…

globでパスのリストを取得

kimotonです。 RのカテゴリーはあるのにPythonのカテゴリーないのですね、、勝手に作りました。 パスの取得は、パイプライン開発なんかの際によく必要になります。 Pythonの標準ライブラリglob を使えば、正規表現を使ってパスのリストが取得できちゃいます…

vcfファイルの読み出し(python)

こんにちは。hr-kです。今回は、前回の記事で書いたRでの方法に続いてpythonでvcfファイルを扱う方法を書きたいと思います。 pythonでvcfを開くときには、pyvcfが非常に便利です。 コマンドライン上でpipを通してインストールできますpip install pyvcf。 イ…

お手軽!「上手い文章」お役立ち本

こんにちは。「自分の知識や主張を、知らない人に説明する」ということに学生時代から四苦八苦しているmiyatakeyです。 極めようとすれば一生モノのこのテーマ、お悩みの方は多いのではないでしょうか。 今回はそんな人々で上達法を共有すべく、私の思うお役…

CRANって。。

kimoton です。 皆様休日は何をされてますかね。 わたくしkimoton、最近料理をしているのですが、書店でこのようなものを見つけてしまいました。 週末2時間で作れる! 1週間分のおかず (ei cooking)作者: 結城寿美江,ei cooking編集部出版社/メーカー: エイ出…

vcfファイルの読み出し

hr-kです。今回はRでvcfファイルを扱う時の話題で書きたいと思います。 Rでvcfファイルを扱うソースを書いており、気付いたことが一点。 Rでvcfを開くとき、vcfR(説明書のリンク)というライブラリにあるread.vcfRを使うのがすごく便利です。 具体的な使用方…

おまじない #linuxコマンド #初心者

アメリエフブログをご覧の皆さま、こんにちは。 新入社員のFukuです。最近好きなフラグは --help。 毎日、Linuxのコマンドを打っています。 すると、正しいコマンドを打ったつもりなのに、見本をコピー&ペーストしたのに・・・うまく動かない。赤文字のリン…

就活生の方へ ~馬の合う会社で働く~

こんにちは、miyatakeyです。 この時期、街では就活生の方をよく見かけます。私も去年は就活中でした。 そこで今回はそんな方々宛てに、私が就活を経た今感じる、会社選びについてのお話をしたいと思います。ご参考までに。 さて、突然ですが皆さん、良い会…

2018新卒社員のmiyatakeyです

はじめまして!2018年4月に入社しました、miyatakeyです。 生まれも育ちも東京ですが、ゼロ歳から毎年家族旅行している長崎を第二の故郷に思っています。 好きなことは料理と気まま散歩で、和菓子に目がありません。 大学での専門は細胞生物学です。植物(シ…

新入社員のkimotonです。

初めまして。2018年度4月新卒入社のkimotonと申します。 実は私、1年半前からアメリエフでインターンとして働いておりました。 この度、正式にアメリエフへ入社することとなりましたので、簡単に自己紹介をさせていただきます。 大学ではノーベル賞で話題と…

初めまして。新入社員のFukuです。

平成30年4月にアメリエフに入社しました。Fuku-Iです。 大学院(修士まで)では、動物の生物学を学び、特に卵子に関わる研究をしてきました。 主にネズミを使って実験をする、いわゆるウェットな研究でした。 生体内で起こっている現象を知るためにはこうし…

新入社員のhr-kです

ご挨拶 アメリエフブログをご覧の皆様、はじめまして。 2018年4月からアメリエフ株式会社の社員となりましたhr-kです。 よろしくお願いいたします。 出身地は福井県で、温泉の街から来ました。 高校までは剣道を約10年間やっており、大学では東海地区に出て…

いわて東北メディカル・メガバンク機構 清水 厚志 教授が科学顧問に就任

アメリエフは、いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 清水 厚志 教授を科学顧問として迎えました! この経営体制強化を起点に、ゲノム医療領域における新たな価値創造に向けて、邁進して参ります。 プレスリリースはこちら いわて東北メデ…

IgBLASTのラッパーMiGMAP

抗体のV(D)J配列のマッピングする場合には、BLASTのアルゴリズムを利用したIgBLASTはとても便利です。 しかし、FASTQファイルが使えないことや、出力結果が独自フォーマットであることなどから、扱いづらいと感じることもあります。 また、ローカルで実行す…

QIIME2のはなし。

Hatena Blogに移行してから初投稿になります。 どうもmisawatです。 お客さん向けのBlogチックなテキストは毎回書いてるんですけどねぇ・・・。(← 言い訳です。はいスイマセン。) さて、かの有名なメタゲノム解析プログラムQIIMEがメジャーバージョンアッ…

2017年10月度 2019新卒&インターン採用説明会を行いました!

ご無沙汰してます、アメリエフでインターンをさせて頂いているkimotonです。 10月26日、2019新卒&インターン採用説明会を行いました! またまた記事を書かせていただけるということで、嬉しい限りです。 私が同様のイベントに参加して、インターンとして働…

2018年度新卒内定式を行いました!

こんにちは、人事担当のhachi-aです。 10月2日に内定式を開催しました! 3名の内定者のみなさんにご参加いただきました。 採用結果通達後、内定者全員が顔を合わせるのはこの日が初めてです。 まずは、現場担当社員から、入社までの事前課題の説明を行いまし…

BioJapan 2017に出展いたします。

アメリエフ株式会社は、アジア最大級のバイオパートナリングイベントBioJapanに参加いたします。 厚生労働省が主催する 「ジャパン・ ヘルスケアベンチャー・サミット」に採択され、ブース展示をいたします。 また、一般財団法人バイオインダストリー協会が…

アメリエフがTokyo MXの「ELIZA スペシャル」にて取り上げられました!

9月24日(日)深夜26時35分からTokyo MXにて放送された「ELIZAスペシャル」でアメリエフが取り上げられました! 「ELIZAスペシャル」は最新テクノロジーを駆使して社会課題に取り組む企業や経営者を密着取材したドキュメンタリー番組です。 番組内では仕事に…

GWAS結果を可視化する方法

kubokawamです。 可視化といっても、マンハッタンプロットを作図してからの話です。 GWAS解析を行って(あるいは共同研究先や外注先に行ってもらって)マンハッタンプロットを眺めていると、このSNPをもう少し詳しく見てみたいなあ、近くにある遺伝子とかLD…

アメリエフ株式会社がTokyo MX「ELIZAスペシャル」で取り上げられます!

9月24日(日)深夜26時35分からTokyo MXにて放送される「ELIZAスペシャル」でアメリエフが取り上げられます。「ELIZAスペシャル」は最新テクノロジーを駆使して社会課題に取り組む企業や経営者を密着取材したドキュメンタリー番組です。番組内では仕事に臨む…