読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

プライマー設計ツール -Primer3-

プライマー設計

今日は、プライマー設計のお話です。

PCRでDNAを増幅させるとき、プライマーが必要ですね。

私は、
ターゲットとなる配列を眺めながら、
塩基の偏りがなさそうな領域を見つけ出し、
反復配列や相補的配列に気を配りながら、
GC含量やTmを計算して、
おっと!3'末端がTなのはよろしくないなぁ・・
なんて言いながら設計をしていました。

10セットのプライマーを作ろうとするだけでも結構な時間がかかりました。


そこで、フリーのプライマー設計ツールを探したところ、
ゲノム解析リンク集に行きつきました。

その中でも、よく耳にするPrimer3
プライマー設計のお手伝いしてもらいましょう。

まず、web上で試してみます。



1.配列を入力
ターゲットの配列だけでなく前後の配列も入力します。

2.Targetsを入力
「ターゲットの配列は、さっき入力した配列の81番目の塩基から100塩基分なんです」
というときは、"81, 100"と入力します。
つまり、"スタートの位置, 長さ"ですね。

3.Pick Primersをクリック
結果が表示されます。
プライマーの基本情報はもちろん、
プライマー間の距離(Product Size)も表示されます。

Number To Returnで表示させるプライマーの数も増やせそうです。
いろいろな条件を設定できますね。


次に、コマンドラインでも試してみます。

ソースコードが公開されているのでダウンロードして、
READMEを読んだら、さっそく使ってみましょう。
Linuxを使用しています。

$ primer3
PRIMER_SEQUENCE_ID=123
SEQUENCE=GAACTTGG(省略)AAG
TARGET=81,100
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-260
PRIMER_MIN_SIZE=18
PRIMER_MAX_SIZE=24
PRIMER_MIN_TM=59
PRIMER_MAX_TM=61
PRIMER_NUM_RETURN=2
=



Enter keyを押すとあっというまに結果が表示されました。

条件を増やしたりきつくするには、
前後の配列を広くとる必要がありそうです。

次回に続きます♪


【参考】
・ゲノム解析リンク集
http://www-btls.jst.go.jp/Links/

・Primer3
http://primer3.sourceforge.net/