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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

プライマー設計ツール -目的に合ったプライマーを設計したい!2-

前回は、Primer3を用いて
複数のプライマー設計を一気に行いました。

条件を設定するだけで、
自動的に、
配列情報を探して
Primer3にかけて
結果から必要な情報だけを取り出して
一覧表にしてくれる。

そんなツールを作れないだろうかと考えています。

ゲノムワイド連鎖解析やゲノムワイド関連解析(GWAS)によって
検出された特定の領域あるいは関連が予想される遺伝子の
SNPを網羅的に解析したりシーケンシングするときに、

webページを開いて、
SNP名(rs ID)の一覧を入力して条件を設定すると、
Primerが設計されて一覧が出来上がる
というイメージです。

SNP名だけでなく、
位置情報からもプライマー設計できたり、

ある領域を網羅的に解析するための
連続的な(contiguous)なプライマー設計もできるように

ツールを開発しています。


他にもアイデアがございましたら、
是非お聞かせください。


お問い合わせページ

http://amelieff.jp/enquiry/