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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

Primer3の使い方

こちらのブログでも紹介しているプライマー設計ソフト
「Primer3」ですが、セットアップ方法や使い方についての
お問い合わせをいくつか頂いております。


Windows版も公開されていますが、
基本的にはCUI(コマンドライン)上で動作させるプログラムなので、
少々敷居が高くなっています。

使い勝手が良いのは、Mac OS X
Linux上で動作させることですので、
私たちはLinux(CentOS 5.4 64bit)で動作させています。

そこで、私たちが利用しているLinuxサーバーで使用する方法を
簡単にご説明したいとおもいます。



大まかな流れは以下になります。
(用語がわからなくても、とりあえず無視してください)
1.ソフトをダウンロードする
2.コンパイルする
3.適切な場所(ディレクトリ)に配置する
4.コマンドラインから実行して動作確認する


1.ソフトをダウンロード
Primer3の「Downloadページ」から、
圧縮されたプログラムをダウンロード。
ここでは、安定版であるRelease 1.1.4 (Apr 28, 2008)
「primer3-1.1.4.tar.gz」をダウンロードしました。


2.ダウンロードしたファイルを展開し、コンパイルします
※)root権限が必要な操作もありますので、
rootユーザーで実行することをオススメします

# mkdir /usr/local/primer3 # Primer3用のディレクトリを作成(ディレクトリ名は一例です)
$ cd /usr/local/primer3 # そのディレクトリ内に移動
$ tar zxf primer3-1.1.4.tar.gz # 展開
$ cd src # プログラムが収められているフォルダに移動
$ make # コンパイル


無事に、primer3_coreというファイルが
出来上がっていることを確認します。


3.適切な場所に配置
使い勝手を良くするため、
以下のようにリンク(ショートカット)を作成しました。

# cd /usr/local/bin # パスが通っているフォルダに移動
# ln -s /usr/local/primer3/src/primer3_core primer3 # primer3というリンクを作成



4.動作確認
Primer3を展開したディレクトリにサンプルファイル
「example」がありますので、これで動作確認します。

$ primer3 < example


すぐに大量の情報が画面に流れてきましたか?

それぞれの項目の意味は、Readmeファイルを参照いただくとして、
最低限利用する項目だけ以下にリストします。
・PRIMER_SEQUENCE_ID=example
・PRIMER_LEFT_SEQUENCE=TGACNACTGACGATGCAGA
・PRIMER_RIGHT_SEQUENCE=ATCGATTTGGGTCGGGAT
・PRIMER_LEFT=15,19
・PRIMER_RIGHT=94,18
・PRIMER_LEFT_TM=57.619
・PRIMER_RIGHT_TM=60.096

特に設定をしないと通常は複数のプライマー候補が設計されますので、
「PRIMER_LEFT_2」などと番号が付いた項目となります。


【まとめ】
はっきりいいまして、
このままだと不便で使い物になりません


プログラムを組んで自動的に大量のプライマー設計をする用途には向いていますが、一つ一つのプライマーを設計する場合は用意されているWebインターフェースを利用した方が便利です。

大量にプライマーを設計する場合は、プログラムを作成して自動化するか、
外注するかになるとおもいます。

この状況は実験をするうえで大変不便ですので、Webインターフェース上で大量にプライマーを設計するSaaS型サービスを準備中です。

現在でもプライマー設計サービス(ヒト・マウス・酵母・大腸菌など)はアメリエフで受注していますが、
わざわざ注文しなくてもWeb上で自身で何度でもプライマー設計できるようになる予定です。

詳しくはお問い合わせください。
お問い合わせ