アメリエフのブログ

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QTL解析2

今日は、フリーのSNP統計解析ソフトPLINKを使用してQTL解析を行いたいと思います!

PLINKのDownloadページからプログラムをダウンロードします。

tutorialに従って一通りの作業していくと、
徐々に使い方が分かってきました。
では、さっそく解析の準備を始めたいと思います。

QTL解析の下準備として、以下の3種類のファイルを作成します。
1.PEDファイル
2.MAPファイル
3.phenotypeファイル

1.PEDファイル作成
拡張子を「.ped」で設定します。
縦にサンプル情報、横にSNPごとのGenotypeが並ぶファイルです。

カラム数は7つで
Family ID
Individual ID
Paternal ID
Maternal ID
SEX
affection status
Genotype

血縁関係にないサンプルの場合には、
Family ID = サンプル名
Individual ID = 1
Paternal ID = 0
Maternal ID = 0
と、設定して良いようです。

2.MAPファイル作成
拡張子を「.map」で設定します。
SNP一覧のファイルです。

カラム数は4つで
Chrmosome
SNP identifier
Genetic distance
Base-Pair position

3.phenoファイルの作成
拡張子を「.phe」で設定します。

カラム数は3つで
Family ID
Individual ID
Phenotype
Phenotypeカラムには、臨床情報などを入力します。


次回は、実際の解析をイメージしながら実行していきます。


【参考】
PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml