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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

QTL解析3

SNP解析

前回は3種類のファイルを作成しました。

ファイル名は
PEDファイル    :study1.ped
MAPファイル    :study1.map
Phenotypeファイル :qt.phe
ということで説明していきます。

ある遺伝子型と臨床情報の関係を調べるため、
PLINKでQTL解析を行っていきます。

Linuxを使用して、コマンドラインで行います。

1.PEDファイルとMAPファイルから、binary PEDファイルを作成します。
plink --file study1 --make-bed --out study1

2.QTL解析を行います。
plink --bfile study1 --assoc --pheno qt.phe --out quant1

quant1.qassocというファイルが出来上がります。

カラム数は9つで
Chr   Chromosome number
SNP   SNP identifier
BP    Physical position (base-pair)
NMISS  Number of non-missing genotypes
BETA  Regression coefficient
SE    Standard error
R2    Regression r-squared
T    Wald test (based on t-distribtion)
P    Wald test asymptotic p-value
です。

いくつかの臨床情報と比較したい場合には、
Phenotypeファイルをその数だけ作る必要があるのでちょっと不便です。

社内では、Perlでプログラミングすることで複数のPhenotypeファイルに対応させています。

明日はPLINKの使い方を紹介したいと思います。

【参考】
PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml