ここでは、Expression-QTL解析により示唆された複数のeQTL候補のうち、ひとつだけを選び出して、図を作成し保存すると想定して作業していきたいと思います。
Rで図を描くための簡単な手順は以下の通りです。
１．データファイルの準備
２．データファイルの読み込み
３．グラフの描画
１．データファイルを準備します。
ファイル名は「rs100.txt」にしました。
Name genotype expression
1 AB 41.11
2 AB 35.431565
3 AB 40.74666
4 AA 65.08612
5 AA 48.581745
6 BB 11.8881965
7 AA 56.56106
:
:
単語と単語をタブで区切ったファイルです。
（上のデモでは、スペース区切りになってしまっているようです）
私は秀丸エディタで作成しましたが、ウィンドウズのメモ帳でも作成できます。
一行目は、列固有のデータ名（変数名）を入力します。
空白には「NA」と入力してください。
２．データファイルを読み込みます。
Ｒでは特定の作業ディレクトリ（フォルダ）に対して、ファイルの出入力を行います。
まず、getwd関数で現在の作業ディレクトリを表示させます。
> getwd()
次に、setwd関数で作業ディレクトリを、データファイル「rs100.txt」を置いたフォルダに変更します。「""」の中でフォルダを指定しています。下では、documentフォルダ内のeQTLフォルダに変更しています。
> setwd("/Users/document/eQTL")
read.table関数でデータファイル「rs100.txt」を読み込み、データフレーム「rs100」に格納します。
> rs100 <- read.table("rs100.txt", header = TRUE)
では、データフレーム「rs100」にデータファイルの中身がちゃんと入っているかどうかチェックします。
データフレームの中身を表示させるには、データフレーム名「rs100」を入力し、Enterキーを押します。
> rs100
Name genotype expression
1 1 AB 41.11000
2 2 AB 35.43156
3 3 AB 40.74666
4 4 AA 65.08612
5 5 AA 48.58174
6 6 BB 11.88820
7 7 AA 56.56106
:
:
と表示されました。
大きいデータのチェックを行う場合はtable関数を用いると便利です。
変数ごとに、どのような値を持つかチェックすることができますが、ここでは割愛させていただきます。
次回は、３ステップ目の「グラフの描画」です。
お問い合わせページ
http://amelieff.jp/enquiry/
