アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

UCSC Genome Browser「CNVデータのカスタムトラックを作成する」

1.UCSC のサイトにアクセスして、Genome Browserに移動
Genome Browserボタンをクリック


2.カスタムトラックを作成
manage custom tracksボタンをクリック


3.ゲノム情報を選択
clade、genome、assemblyをクリックメニューから選択


4.データを入力
track type=bedGraph name="Tsp1_dup" yLineOnOff=on yLineMark=0.0 description=" " visibility=full color=200,100,0 altColor=200,50,0
chr7 68270187 68554976 1
chr7 69651527 69890581 1
chr7 69978722 70178645 1
track type=bedGraph name="Tsp1_del" yLineOnOff=on yLineMark=0.0 description=" " visibility=full color=0,100,200 altColor=0,50,200 alwaysZero=on
chr7 67496309 67572164 -1
chr7 67668947 68117798 -1
chr7 69361800 69562000 -1
browser position chr7:67495000-70179700
bedGraphフォーマットを使用します。
コピー&ペーストして試す際は、最後の行末の改行を削除してください。

submitボタンをクリックすると、カスタムトラックの情報が表示されます。

go to genome browserボタンをクリック

5.結果表示


みなさん、上手くカスタムトラックが表示されましたか??