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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

UCSC Genome Browser「続・CNVデータのカスタムトラックを作成する1」

昨日は、CNVデータのカスタムトラックを作成しました。
bedGraphフォーマットでデータを入力しましたね。
track type=bedGraph name="Tsp1_dup" yLineOnOff=on yLineMark=0.0 description=" " visibility=full color=200,100,0 altColor=200,50,0
chr7 68270187 68554976 1
chr7 69651527 69890581 1
chr7 69978722 70178645 1
track type=bedGraph name="Tsp1_del" yLineOnOff=on yLineMark=0.0 description=" " visibility=full color=0,100,200 altColor=0,50,200 alwaysZero=on
chr7 67496309 67572164 -1
chr7 67668947 68117798 -1
chr7 69361800 69562000 -1
browser position chr7:67495000-70179700
1行のヘッダと4列のデータのシンプルなフォーマットですね。
最後の1行はこのポジションに飛んで!!という意味です。
browser position chr7:67495000-70179700

入力しない場合は、データ部分1行目のポジションに飛ぶようです。

書かなくても問題ありませんが、見たい範囲が決まっている場合は便利です。
遺伝子名で指定することもできます。
browser position AUTS2

すばらしい!!