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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

ゲノムブラウザのご紹介「IGV(Integrative Genomics Viewer)」

ゲノムブラウザ
今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)をご紹介したいと思います。
IGVは、米Broad Instituteによって作成されたゲノムブラウザです。
Javaで作成されているので、使用する際はJavaをインストールしておく必要があります。サイトはこちらです。


画面はこんな感じです。


魅力的な点は、
1.複数のファーマットに対応
2.インターフェースが直感的
3.クローズドの環境で使える
でしょうか。

1.複数のファーマットに対応
GFF,WIG,BED,FASTAなど、なんと26種類ほどのファーマットに対応しています。

2.インターフェースが直感的
染色体のアウトラインを、マウスでがしがしスピーディーに動かせるのでストレスフリーです。

3.クローズドの環境で使える
データが流出する心配がないので、セキュリティの面では安心かと思います。
あらかじめいくつかのアノテーションが登録されています。
あとは、必要なアノテーションを準備すれば快適にご使用いただけると思います。