アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

Next Generation Sequencing Platforms「第二世代シーケンサー2」

第二世代シーケンサーに関して書きたいと思います。
各社ともにリード長を延ばす努力を行っています。
今年の目標は
Roche 454 1000base
Illumina 150base
ABI SOLiD 100baseでした。
他にも、
GS Junior Bench Top System
SOLiD PI Systemなど、
ベンチトップサイズへの小型化も盛んですね。

以前、比較するポイントとして
・データ量(リード長、タグ数)
・コスト(導入、維持、ランニング)
・時間(ハンズオンタイム、ランニングタイム)
・精度
を挙げました。
これらのテーマはいわば「シーケンサー開発の必須課題」
なのかなと思います。

一方、
・目標リード長
・ベンチトップ型の有無
は、研究用途やその市場まで視野に入れた問題であり、
最適化されていく中で定着したり淘汰されるのだと思います。

さて、私個人的にとても楽しみなのはPolonatorです。
かずさDNA研究所が導入したことで話題になりましたが、プロトコルとソフトウェアがオープンソース(!)、試薬も低価格で販売するそうです。
しかも、ユーザーが自社製品以外の試薬を使うのも大歓迎。低価格でより良い試薬があるのならば、むしろ情報を共有しましょうというのです。
Open evolution is the accelerant that will drive this platform forward.Please join us!
とHPにも力強い言葉がありますから、ユーザーコミュニティーが育てば爆発的に普及しそうな予感がします。