これまで何回か、SNP統計解析ソフトPLINKについて書きました。
QTL解析２（２番目の記事）
PLINKの使い方１
今日は、コマンドのオプションについて書きたいと思います。
ファイルのinput/outputに関するオプションを何個か紹介します。
１．PEDファイル作成（拡張子「.ped」）
縦にサンプル情報、横にSNPごとのGenotypeが並ぶファイルです。
基本のカラム数は７つです。
1 Family ID
2 Individual ID
3 Paternal ID
4 Maternal ID
5 SEX
6 affection status
7.. Genotype
データや血縁関係が無いサンプルの場合、下記のようにPEDファイルに入力しても動きます。
1 Family ID = サンプル名
2 Individual ID = 1
3 Paternal ID = 0
4 Maternal ID = 0
5 SEX = 0
6 affection status
7.. Genotype
オプションでも対応できます。
--no-fid
説明：PED file does not contain column 1 (family ID)
--no-parents
説明：PED file does not contain columns 3,4 (parents)
--no-sex
説明：PED file does not contain column 5 (sex)
上記の3つのオプションを使う場合、カラム数は３つです。
1 Individual ID
2 affection status
3.. Genotype
２．MAPとPEDの書式を確認
ファイル名は
PEDファイル ：study1.ped
MAPファイル ：study1.map
ということで説明していきます。
PEDファイル（カラム数７つ）の時は
plink --file study1
PEDファイル（カラム数３つ）の時はオプションを付けて、
plink --file study1 --no-fid --no-parents --no-sex --allow-no-sex
他にもいろいろオプションを設定します。
【参考】
・PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml
