閾値に関するオプションを何個か紹介します。
--geno {0.01}
説明：Maximum per-SNP missing
集団において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。
1%以上、遺伝子型が不明なSNPは除外されます。
--mind {0.01}
説明：Maximum per-person missing
個体において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。
1%以上、遺伝子型が不明なサンプルは除外されます。
除外されたサンプルは「.irem」ファイルに記録されます。
ファイル名が
PEDファイル ：study1.ped
MAPファイル ：study1.map
の場合、下記のコマンドでデータチェックできます。
plink --file study1 --geno 0.01 --mind 0.01閾値を変えて試してみてください。
【参考】
・PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml
