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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

PLINKの使い方3

昨日に引き続き、SNP統計解析ソフトPLINKの、コマンドのオプションについて書きたいと思います。
閾値に関するオプションを何個か紹介します。

--geno {0.01}
説明:Maximum per-SNP missing
集団において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。
1%以上、遺伝子型が不明なSNPは除外されます。

--mind {0.01}
説明:Maximum per-person missing
個体において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。
1%以上、遺伝子型が不明なサンプルは除外されます。
除外されたサンプルは「.irem」ファイルに記録されます。

ファイル名が
PEDファイル    :study1.ped
MAPファイル    :study1.map
の場合、下記のコマンドでデータチェックできます。
plink --file study1 --geno 0.01 --mind 0.01
閾値を変えて試してみてください。

【参考】
PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml