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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

QuickGWAS Academic「Preparation」

SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のSettingが済んだら、さっそく解析を行います。
解析は、Preparation→GWAS→Plotの順番で行います。
Preparationでは、PED/MAPファイルから、バイナリーファイル(BED/BIM/FAM)を作成します。

step1
「Preparation」タブを選択します。

step2
「.ped」「.map」ファイルを指定します。
※)パスには、日本語やスペースを含まない場所を指定してください。
step3
「Make bed/bim/fam」ボタンをクリックして、処理を開始します。
step4
「view log」をクリックすると、plinkのログをご覧いただけます。

テストには、ダウンロードしたplinkフォルダ内のtest.mapとtest.pedをご使用いただくと便利です。

【ダウンロードページはこちら】
「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。