アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

IGV「CNファイル作成」

今週は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のダウンロード起動について
書きました。

今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見てみましょう」です。
フォーマットは、シンプルな「CN File Format」を使用します。
タブ区切りのファイルです。

SNP(tab)Chromosome(tab)PhysicalPosition(tab)Study1(tab)Study2(tab)‥
rs9442372(tab)1(tab)1008567(tab)0.5(tab)0.12(tab)‥
rs6687776 (tab)1(tab)1020428(tab)0.6(tab)0.2(tab)‥

縦にSNP、横に解析結果(SNPごとのP値)を並べます。

詳しくはこちら
http://software.broadinstitute.org/software/igv/CN