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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

IGV「ファイル入力」

ゲノムブラウザ

今日は、下記URLのサンプルデータをIGVで表示します。
http://software.broadinstitute.org/software/igv/CN
CN File Format欄のmynah.sorted.cn(8.55MB)をダウンロードして保存します。
ファイルの中身を見ます。

SNP Chromosome PhysicalPosition MYNAH_p_Affy_plate_9_Mapping250K_Sty_A02_49084 MYNAH_p_Affy_plate_9_Mapping250K_Sty_A04_49116
SNP_A-1909444 1 792429 2.524 2.792
SNP_A-2237149 1 817376 2.104 2.238
SNP_A-4303947 1 819185 2.448 1.472
SNP_A-2236359 1 832343 2.145 1.869
SNP_A-2205441 1 839326 2.197 1.941
SNP_A-2116190 1 1043552 2.464 1.602

縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並んでいます。

step1
igv_win.batをクリックしてIGVを起動します。
step2
メニューバーの「File」をクリックして、「Load from File」を選択します。

Select Filesウィンドウが立ち上がるので、ファイルを選択します。

step3
データが表示されました。


来週に続きます。