今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。
先週は、下記URLのCNファイルを、IGVに入力しました。
http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/tutorial/gp_fileformats.html
mynah.sorted.cnは、縦に238304SNP、横に２つの解析結果(SNPごとのP値)が並ぶファイルでした。
今日は、操作画面を見ます。
1. トラック
拡大すると見ている部分が赤枠で表示されます。
2. サンプルパネル
ドラッグ＆ドロップで順番を変えることもできます。
3. 属性パネル
「DATA FILE」はファイル名
「DATA TYPE」はデータフォーマット
カラーバー上で静止すると表示されます。サンプルを属性ごとに選択したい時は、カラーバーを選択すると便利です。
4. データパネル
データパネルの説明は、次回に持ちこします。
詳細は「IGV Quick Start」をご覧ください。↓↓
http://www.broadinstitute.org/software/igv/LoadTutorialData
