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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

IGV「表示」

ゲノムブラウザ

今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。
これまで、
1.ダウンロード

2.起動

3.CNファイル入力

を行いました。
入力したファイル(mynah.sorted.cn)は、縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並ぶファイルでした。

今日は、データを見やすく表示させたいと思います。
画面操作については、こちらをご覧ください。

step1
対象を選択します。
ふたつのサンプルを選択するには、
・サンプルパネルのサンプルを「Ctrl」+クリック
・属性パネルのカラーバーを右クリック
する方法があります。選択されたサンプルは灰色になります。
step2
設定を行います。
対象を選択した状態で右クリックします。

下記の図の通り、チェックや設定を変更します。

さらに、メニューバーの「View」をクリックして、「Preferences...」を選択します。
「Charts」タブの「Label Y Axis」をチェックします。

このように表示されました。

お好みで調節してください。