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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

IGV「リファレンスゲノム」

ゲノムブラウザ
今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のリファレンスゲノムについてお話します。
用意されている配列はこちらです。
http://www.broadinstitute.org/software/igv/Genomes

ツールバーでゲノムを選択します。
まず、Human hg18を選択しました。

遺伝子名(KCNQ1)を入力しましょう。
「Go」をクリックすると、遺伝子に飛びます。
自動的に、遺伝子名から位置情報に変わります。
KCNQ1 → chr11:2,422,797-2,826,916


もちろん位置情報から飛ぶこともできます。
RefSeq genesトラックに遺伝子名が表示されています。
カーソルをエクソン上で停止させると、エクソンの情報が表れます。

次に、E.coli K12 MG1655 U00096.2を選択します。

Geneトラックに遺伝子名が表示されませんね。
Humanと違って、このままでは遺伝子名から飛ぶことはできないようです。
位置情報から飛ぶことは出来ます。
U00096.2:421,739-423,556