アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

IGV「igvtools 2」

IGV(Integrative Genomics Viewer)のigvtoolsについてご紹介したいと思います。
igvtoolsは、IGVに入力する前にデータの前処理を行うツールです。
■sort
start positionで並び変えます。
ソート済みのファイルを入力するように求められた場合、この機能を使います。
■tile
大きなサイズのファイル(wigやcnなど)をIGVで表示しようとすると、バイナリファイル(.tdf)に変換するように勧められます。
■count
bamなどのファイルを、計算してwigに変換します。
■index
大きなファイル(samなど)をIGVで表示しようとすると、indexを付けるように勧められます。