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BEDTools 2

以前、BEDToolsについて簡単にご紹介しましたが、今日は「BEDファイル」についてお話します。
UCSC Genome Browserではアノテーションが図のように表示されますね。
オリジナルのアノテーションを追加したいとき、BEDファイルを作成してカスタムトラックとして追加すると、緑の枠で囲ったアノテーションと同じように表示することが出来ます。

ファイルに記入すべき必須の情報は、3つです。
1.染色体番号
2.開始位置
3.終了位置
他に、9つのオプションを記入することもできます。
必須の情報を見ても分かる通り、BEDファイルは高さの情報をもたないファイル形式です。線の長さと太さで表現しているんですね。

詳しくはこちらのサイトをご覧ください。
URL:http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat

【参考】
・BEDTools
URL:http://code.google.com/p/bedtools/