アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

BEDTools 4

BEDファイルを作成してIGVで表示してみましょう。
1.下記の一行を書き込みtest.bedとして保存します。
chr22 1000 5000 cloneA 1000 + 1000 5000 255,0,0 2 500,250 0,3500
2.IGVを起動します。メニューバーの「File」をクリックして「Load from File..」を選択します。test.bedを選択して「ok」をクリックします。

太い部分をblockと呼びます。
10列目のblockCountは2つ。
11列目のblockSizesは、それぞれ500と250。
12列目のblockStartsは、それぞれ0と3500です。chromStartを0した時の相対的な位置で指定します。