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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

誰でも簡単にPrimer設計!への道 〜QuickPrimerのTarget機能について〜

こんにちは。タノです。
今日の東京は、とてもお天気に恵まれていました。思わず鼻唄が出てしまいました。

昨日のブログでは、Primer設計ソフトである“QuickPrimer”を開発中であることをお伝えしました。
本日は、“QuickPrimer”に含まれるTarget機能について書いていこうと思います。よろしくお願いします。

機能1 Target機能
ここからは、上記の図にありますように、あるゲノム配列に目的の配列や塩基(SNP:一塩基多型)などが見つかった際の例を取り上げます。

Primer3を用いてprimer設計する場合は、増幅させたい配列の箇所(今後Targetと記します)を含めた範囲でprimerの長さなどを考慮しながら行います。
しかし、このTargetが数百・数千といった場合、1か所ずつ設定することは不可能です。

今回弊社が開発した“QuickPrimer”では、一括して複数の領域のプライマーを設計することができます。

まず初めの設定画面でTarget(上図でいうならばSNP1, SNP2, SNP3の箇所)を設定し、ボタンを一回押すだけで、各Targetごとにprimerの情報を得ることができます。
とてもシンプルな機能ですが、あるととても便利だと思います。