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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

QuickPrimer Liteの使用方法 〜Target編〜

本日より、QuickPrimer Lite(以下、当ソフト)の使用方法を記述していきます。
本日は、Target機能について記述致します。よろしくお願いいたします。
Target機能につきましては、以前ブログでも紹介させていただきました。

図1 Target機能イメージ図

当ソフトでは、図のように増幅させたい配列の箇所(以下、Target)が複数ある場合、start位置(5’側、 図ではTarget1, Target2, Target3)を設定していただく事で、各Targetに対応したprimerを設計することが可能です。

準備
当ソフトは、オープンソースツールであるprimer3を用いたprimer設計ソフトです。そのため、事前にprimer3.exeをダウンロードしていただく必要があります。

1. QuickPrimer Liteを起動させます。
2. Primer3.exeおよび.csv ファイルの保存先を設定

図2 Settingタブ画面

Settingタブ画面を表示します(図2)。こちらの画面では、事前にインストールしていただいたprimer3.exeと算出されたprimerの結果を保存する.csvファイルの保存先を指定していただきます。
各項目の右側に位置しているボタンをクリックしていただき、primer3.exeおよびcsvファイルの保存先を指定してください。

3. 各項目を設定
Targetタブ画面を表示し、下記の項目を設定します。

図3 Targetタブ画面

? SEQUENCE
配列は、テキスト内に直接入力して頂く、もしくはfastaファイルなど配列情報を含んでいるファイルを“Upload sequence”で指定して頂きます。
? Target
Target位置が複数ある場合は、改行しながら入力します。図1のTarget1, Target2, Target3がここに対応します。

? 各種設定

4. 実行ボタンを押す
5. 結果は、CSVファイルで保存されます

図4 結果ファイル

結果は、forward(F)、Reverse(R)の情報に分かれており、それぞれ、配列、primerの長さ、primerの位置、GC%、Tm、増幅させる領域のサイズが表示されます(図4)。