アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

QuickPrimer Liteの使用方法 〜Tandem編〜

本日は、QuickPrimer Lite(以下、当ソフト)のTandem機能について記述致します。よろしくお願いいたします。
Tandem機能につきましても、以前弊社ブログにて紹介させていただきました。

図1 Tandem機能イメージ図

図1のように広範囲に渡るTarget領域をシーケンシングする場合、複数のprimerを一部オーバーラップさせて設計する必要があります。当ソフトでは、Target領域のstart位置(Target start position)とend位置(Target end position)を設定して頂くことで、広範囲なTarget領域に対応した複数のprimerを設計することが可能です。

操作方法
1. QuickPrimer Liteを起動させます。

2. primer3.exeおよび.csv ファイルの保存先を設定
昨日のブログ(Target編)を御参照ください

3. 各項目を設定
tandemタブ画面を表示し、下記の項目を設定します。

図2 Tandemタブ画面

? SEQUENCE
昨日のブログ(Target編)を御参照ください

? 各種設定
“Target start position”、“Target end position”、“Overlap size”が、図1のTarget Start position、 Target end position、Overlap sizeに対応します。
※“Overlap size”とは、増幅されたprimerのend側の領域と次のprimerのstart側の領域が重なる領域のサイズを指します(図1参照)。

4. 実行ボタンを押す

5. 結果は、CSVファイルで保存されます
結果は、forward(F)、Reverse(R)の情報に分かれており、それぞれ、配列、primerの長さ、primerの位置、GC%、Tm、増幅させる領域のサイズが表示されます。