アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

pedファイルfor Merlin

先日、連鎖解析の為のフリーツールソフトMerlinについて記述致しました
(こちらに関する記事はコチラ)。
MerlinではInput ファイルとしてpedファイル、datファイル、mapファイルが必要です。
本日は、pedファイルのファイル形式を記述致します。

■pedファイル(pedigreeファイル)
pedファイルでは、1検体(サンプル)の情報を1行で表します。
基本構成は下記の5列です。
1列目:a family ID(家系の識別名)
2列目:an individual ID(個々のサンプルID)
3列目:a link to Father ID (if available)
   (父親がサンプル内にある場合は父親のindividual IDを記述)
4列目:a link to Mother ID (if available)
   (母親がサンプル内にある場合は母親のindividual IDを記述)
5列目:an individual's sex.
   (個々のサンプルの性別、1=male, 2=female, 0=unknown)

基本構成以降の記述の順番は、比較的自由です(記載の順番は、datファイルに反映されますが、こちらに関しては、次回記述します)。

今回は、Merlinのtutorialに従って記述します。

6列目:an affection status
   (1=unaffecteds, 2=affecteds, 0=missing)
7列目:quantitative trait
   (量的形質)
8列目以降:各アレルに対するgenotype

詳細はコチラ

次回は、datファイルおよびmapファイルに関して記述します。