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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

Eigenstratで主成分分析〜ダウンロード偏〜

本日は、ゲノム情報から主成分分析を行うソフトeigenstratを紹介させていただきます。
よろしくお願いします。
Eigenstratは、主成分解析法をもちいて集団の構造化を解析し、関連検定の結果を補正するソフトウェアツールです。

ダウンロードはコチラから


まず上記のサイトから、eigenstrat(eig4.2.tar.gz)をダウンロードしてください。

解凍します。
tar zxvf eig4.2.tar.gz

Eigenstratで使用するコマンドは、binディレクトリ内に保存されています。
使用する際は、binまでのアドレスをいれて使用するか、pathを通しておきましょう。

また、Eigenstratは下記のものを入れておく必要があります。

・g77 (yum install g77*)
lapack(yum install lapack*)
・atlas(yum install atlas*)
・compat(yum install compat*)※CompatはCentOS6.0以上の場合は入れてください。