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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

Eigenstratで主成分分析〜PCA解析〜

SNP解析
これまでに、eigenstratに必要なファイルに関して記述致しました。
本日は、いよいよ主成分分析です。

使用するファイルを記述します。
   example.geno
   example.ind
   example.snp

smartpca.perl -i example.geno -a example.snp -b example.ind -k 2 -o example.pca -p example.plot -e example.eval -l example.log
   
   入力
   -i example.geno を入力する
   -a example.snp を入力する
   -b example.ind を入力する
   
   出力
   -k 出力する主成分(principal components)の数。
   -o 主成分の出力ファイル
   -p トップ二つの主成分を用いたプロットファイル
   -e 全ての固有値を算出したファイル
   -l ログファイル

主成分分析の結果がexample.pca.evecに算出されました!