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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

Linux講座に向けて

スクール
本日は、弊社で開講予定のバイオインフォマティクス・スクールで、“なぜLinux講座を第1科目として選んだのか”を自分なりにまとめました。
よろしくお願いいたします。

その1:解析ツールの問題
バイオインフォマティクスで使用する解析ツールは、Linux仕様で公開されています。
中には、WindowsMacなどで使えるツールもありますが、このようなツールは、Linuxで公開されたあと、一般的に使用される状態となって、始めて使用しやすいWindowsおよびMacバージョンで公開されます。

Linuxが使えないと自分で解析したくても、WindowsおよびMacバージョンが出るまで、待つ必要がありますね。

Linuxが使用できる様になると、どのような解析ツールも使用する事ができます。新しいツールが出た際は、自分で試してみる事も可能ですよ!

その2:大量データの扱い
次世代シーケンサーでは、結果として大きな出力データを受け取る場合が多いかと思います。しかしそれらのデータは、Excel等で見る事が困難です。

そのデータの必要な部分だけ見たい!もしくは必要な箇所の結果だけ見たい!という時、Linuxが使用できると、データを自分の思い通りに切り抜き、小さなデータを作成する事が可能です。

小さなデータを作成する事で、得たい情報をExcel等で確認する事ができるようになります!

その3:繰り返し操作の簡易化
Primerを数百個作りたい!とか数万個あるクエリー配列がどの遺伝子に当たるのか確認したい!という時、同じ作業を何度も繰り返す事は、とても気が遠くなるお話だと思います。

Linuxでは、この様な繰り返し作業を自動的にやってくれます。つまり、大変なルーチン作業も1度で終了します。時間も短縮です。



いかがですか?
バイオインフォマティクスをやっていく上で、Linuxとは切っても切れない関係にあるのです。
Linuxの勉強会は、多くありますが、上記の様な事が補えるかというと・・・。

弊社が行うLinux講座では、バイオインフォマティクスに特化した内容となっているため、上記の内容を補う事ができるスクールとなっています。
なかなか怪訝されがちなLinuxですが、私たちと一緒に学んでみませんか?