本日は、アライメントツールとしてbwaを例にとり、アライメントのアルゴリズムに関して記述していきます。
よろしくお願いします。
bwaのInformationでは、Burrows-Wheeler Transform (BWT)をベースとしたアルゴリズムが組まれています（コチラを参照）。
さらに、bwaでアライメントを行うと、“calculate SA coordinate”と表示されます。
BWTって・・・？
SA（Suffix Array）とは・・・？
ということで下記のHPを参考にし、ゲノム配列に置き換えて考えてみました。
wiki ブロックソート
Burrows Wheeler TransformとSuffix Array
Suffix Arrayの概念
大量のデータを用いて検索を行う際に、用いられる方法のようです。
DNA断片の配列を繰り返し並列で並べ、印を付ける（index化）。
その後、ソートを行うことで、SAを作成することができるようです。
今日はここまでです！
