アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

Microarray解析

tokunagaです。
今回は、遺伝子発現変動を網羅的に調べたいときに使われているmicroarrayのデータ解析について流れを簡単にご紹介します。

生データ
 発光強度をスキャナーの画像から数値化する
   ↓
バックグラウンド補正
 出力された時点で補正されている場合もある
   ↓
正規化
 サンプル別のバラつきを揃える
   ↓
フィルタリングによる絞込み
 群間の有意差、p-value、FC、シグナル強度etc.の情報を基に絞り込む
   ↓   
クラスタリング、ヒートマップ作成
   ↓
ノーテーション付け
 遺伝子、GO etc.の情報を付与する

後半は目的によって変化してくると思います。
今はRのパッケージが色々とそろっているようですね!