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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

1000 人ゲノムプロジェクトJPT データの活用①

akbです。
「日本人類遺伝学会 第57回大会」に出展いたしました。
弊社のポスター発表、ならびにブースまで足を運んでくださった皆さま方に、この場をかりて厚く御礼申し上げます。

本日から「日本人類遺伝学会 第57回大会」で発表させていただいたポスター内容の連載を開始いたします。
タイトルは『超高速シーケンサーを用いた疾患関連遺伝子探索のデータ解析と今後の展望-1000 人ゲノムプロジェクトJPT データの活用-』です。
日本人のゲノムデータを重点的に収集して解析することは、個別医療の実現や臨床研究の促進に有用であると考えられます。
そこで弊社では、1000ゲノムプロジェクトのデータから全てのJPT(Japanese in Tokyo)サンプルを抽出し、Illuminaのシーケンサーを用いてペアエンドでシーケンスされた88サンプルにおけるアリル頻度の算出を行いました。

<JPT88サンプルの内訳>
Whole Genome Sequence(WGS): 29
Whole exome Sequence(WXS): 35
Target reseq: 24

さらに、慶應義塾大学 環境情報学部の冨田勝 教授の全ゲノムシーケンスデータとの比較も行いました。
今回の解析には、弊社で開発した超高速シーケンスデータ解析サーバを使用しております。

解析の詳細を本日より複数回に渡って連載していきますので、連載終了までご覧いただけましたら幸いです。