アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

PBSIM

tokunagaです。
本日はBioinfomaticsで気になる記事を見つけましたのでご紹介いたします。

Bioinformatics. 2012 Nov 4
PBSIM: PacBio reads simulator–toward accurate genome assembly
Ono Y, Asai K, Hamada M


PacBioのシーケンサーから出力されるリードの特徴としてCLR(長いがエラー率の高いリード)とCCS(短いがエラー率の低いリード)があるそうです。その特徴を考慮し、model-basedとsampling-based methodというアルゴリズムを使ってゲノムのアセンブルを行うシュミレーターについての記事です。

以下のサイトからLinux用にコンパイル済みのツールとソースコードがダウンロードできます。
http://code.google.com/p/pbsim/downloads/list

もしご興味のある方は試してみてはいかがでしょうか?
また、気になるツールを見つけましたらご紹介いたします。