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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

Rでアノテーション付け

tokunagaです。

これまでにVCFtoolsを使ったVCFファイルの加工や比較の方法をご紹介しました。
VCFtools
VCFtools②
今回はVCFファイルに関するRパッケージをご紹介いたします。

VariantAnnotation

Bioconductorのパッケージです。
VCFフォーマットのファイルを入力することができ、変異の概要やアミノ酸の変化、またはSIFTやPolypenスコアなどのアノテーション情報を見ることができます。
マニュアルには比較的分かりやすい使用手順が記載されています。

機会がありましたらまた詳しい情報を載せたいと思います。

まだR初心者ですが、Rには色んな便利なパッケージがありますので、しっかり勉強してご紹介いていきたいと思っております。