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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

DNAcopy

CNV解析

tokunagaです。

前回はgenoCNというパッケージについてご紹介させていただきましたが、
本日もSNPジェノタイピングアレイを用いたCNV検出ツールにつきまして簡単にご紹介をしたいと思います。

RのBioconductorのパッケージのDNAcopyです。

genoCNはHidden Markov Model(HMM)でしたが、今回はCircular Binary Segmentation(CBS)というアルゴリズムを使ってDNAのコピー数異常を検出するツールです。
下記のようなプロット図を作成することが出来ます。



染色体ごとのプロット図



また機会がありましたらCNV解析ツールのご紹介いたします。